Описание структуры 3С-протеазы в комплексе с рупинтривиром
1. Структура в целом
Данная структура - протеаза 3С человеческого риновируса, связанная с ингибитором Рупинтривором. Ферментная часть структуры состоит из одной полимерной цепи, то есть фермент является мономером, биологической и ассиметрической единицей является собственно 1 субъединица. Фермент состоит из трех доменов, один из которых линкер. Каталитический центр образован двумя основными доменами и противолежит линкеру.
Рисунок 1. Структура в целом
На рисунке зеленым, синим и красным цветом показаны два основынх домена и линкер соответвенно. Белым цветом показана молекула рупинтривира.
2. Отдельные цепи
Фермент 3С-протеаза выделена из вирусов рода Enterovirus, в частности из представителей Rhinovirus.
В базе Uniprot данный фермент имеет название protein 3C и имеет id E5D8F2.
Основная вирусная протеаза, которая опосредует протеолитический процессинг полипротеина.
Расщепляет EIF5B хозяина, способствуя блокировке трансляции хозяина.
Также расщепляет PABPC1 хозяина, способствуя блокировке трансляции хозяина.
Относительно референсной последовательности из базы Uniprot мутаций нет.
Модифицированных аминокислотных остатков в структуре не обнауружено.
Рисунок 2. Вторичные структуры в составе
На рисунке 2 желтым цветом обозначены бета-слои, красным альфа-спирали.
3. Малые молекулы
В структуре присутсвует малая молекула, запантентованная под названием Рупинтривир. Полное название 4-{2-(4-фторо-бензил)-6-метил-5[(5-метил-изоксазол-3-карбонил)-амино]-4-гептаноиламино}-5-(2-окса-пирролидин-3-ил)-пентаноидной кислоты этиловый эфир. Трехбуквенное обозначение AG7.
Рупинтривир явялется ингибитором данной протеазы.
4. Функции малых молекул
Молекула рупинтривира была добавлена в структура намеренно. В проведенном исследовании описывается структура в связи с рупинтривиром и без него. Анализ этих структур был проведен с целью установления спецефичности работы противовирусных препаратов на основе рупинтривира.
