Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1
С помощью следующих команд были получены структуры трех форм ДНК:
| fiber -a -seq=GATCGATCGATCGACTGATC gatc-a.pdb fiber -b -seq=GATCGATCGATCGACTGATC gatc-b.pdb fiber -z -seq=GATCGATCGATCGACTGATC gatc-z.pdb |
Задание 2
В B-форме ДНК визуально были определены большая и малая бороздки. Мне досталось азотистое основание аденин. В нем были определены атомы, направленные в малую или в большую бороздку. Их номера указаны в таблице:
| В сторону большой бороздки: A18.N1, A18.C5, A18.N6, A18.C6, A18.N7, A18.C8
В сторону малой бороздки: А18.С2, А18.N3, A18.C4, A18.N9 |
Далее был проведен сравнительный анализ трех форм ДНК. Результаты представлены в таблице.
| Тип спирали | Шаг спирали (Å) | Число основания на виток | Ширина большой бороздки (Å) | Ширина малой бороздки (Å) | |
| Z-форма | левая | 43,5 | 12 | 18,6 (A/DG`13 - B/DC`26) | 9, 9 (A/DC`10 - B/DG`35) |
| A-форма | правая | 28 | 11 | 17,0 (A/DT`7 - B/DG`37) | 8,0 (A/DG`9 - B/DG`26) |
| B-форма | правая | 33,8 | 10 | 17,2 (A/DA`6 - B/DC`32) | 11,7 (A/DA`14 - B/DT`31) |
Задание 3
Для получения данных о структуре тРНК были выполнены команды:
| wget "https://files.rcsb.org/download/1il2.pdb" -O "1il2.pdb" remediator --old "1il2.pdb" > "1il2_old.pdb" find_pair -t 1il2_old.pdb stdout | analyze |
Торсионные углы структуры:
 |
|
Больше всего структура похожа на ДНК формы А.
Определение координат стеблей
| (901-907 971-966) - акцепторный стебель (910-913 925-922) - D-стебель (949-953 965-961) - Т-стебель (938-944 932-926)- Антикодоновый стебель |
Неканонические пары
| Неканонические пары: 5 U--G, 13 t-A, 14 P-G, 15 C-P, 17 U-G,
21 A-G, 22 G-U, 25 P-G, 26 U-A, 27 A-A, 28 A-U, 29 u-U, 34 U-G, 42 t-A,
43 P-G, 44 C-P, 46 U-G, 50 A-G, 51 G-U, 54 P-G, 55 U-A, 56 A-A, 57 A-U, 58 u-U Прочие взаимодействия: 917(956), 1918(1956) |
Стекинг взаимодействия
В таблице о перекрываниях я выбрала пары с наибольним суммарным перекриванием. Ими оказаллись GU/GC.
