Практикум 3
Применение einverted и алгоритма Зукера
В данном задании использовалась описываемая в прошлом практикуме тРНК с идентификатором 1il2. Для einverted методом проб и ошибок были подобраны, на мой взгляд, наиболее оптимальны параметры:
| -gap 5 -threshold 0 -match 3 -mismatch -5 |
Резульаты обработки 'вручную', с помощью einverted и алгоритма Зукера представлены в таблице:
| Участок структуры | Find-pair | Einverted | Алгоритм Зукера |
| Акцепторный стебель | 901-907 971-966 | 1-4: 71-74 | 1-8 |
| D-стебель | 910-913 925-922 | None | 17-20 |
| T-стебель | 949-953 965-961 | None | 49-52 |
| Антикодоновый стебель | 938-944 932-926 | None | 25-31 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 4 | 22 |
Далее была предсказана вторичная структура алгоритмом Зукера с указанными параметрами. Результат показан на рисунке ниже.
Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Скрипты jmol: script 1, script 2.
Описание контактов в структуре комлекса прдставлено в таблице:
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 52 | 26 | 78 |
| остатками фосфорной кислоты | 48 | 0 | 48 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 16 | 16 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 10 | 10 |
Далее с помощью nucplot и GSview были получены рисунки,. показывающие взаимодействия отлеьных аминоксилотс полседовательностью. Для работы с nucplot файл со структурой сначала был преобразован в старый формат. Была получена карта взаимодейтсвий:
Наибольшее чсисло контактов с ДНК имеет аминокислота Asn65
Рисунок взаимодейтсвия:
