Нуклеотидные базы данных
Выбор сборки генома эукариотического организма
В данном практикуме я выбрала для описания геном Домашней лошади - Equus ferus. Данный вид с древности сопровождает человека. В свою очередь человек использует данных животных в самых различных отраслях жизни: домашнее хозйяство, грузоперевозка, досуг, рекреация. Удивительным явяляется то, что сейчас среди организмов данного вида выведено около 200 различных пород. Пример внешнего вида организма представлен на рисункe.
Организм имеет 64 хромосомы в диплоидном наборе.
Выбранная сборка EquCab3.0 была найдена по запросу Equus caballus. По нему было найдено 16 различных записей. Среди прочих она была выбрана так как отмечена референсной и отвечала всем требованиям для описания. Уровень сборки - Chromosome, это означает, что сборка содержит полный набор последовательностей отдельных хромосом.
Характеристики сборки
| Характеристика | Значение |
| Идентификатор GenBank | GCA_002863925.1 |
| Идентификатор RefSeq | GCF_002863925.1 |
| Общий размер генома (п.н.) | 2.5 Gb |
| Число фрагментов генома в сборке | 4,700 |
| N50 для контигов | 1.5 Mb |
| L50 для контигов | 462 |
| N50 для скаффолдов | 87.2 Mb |
| L50 для скаффолдов | 12 |
Пояснения: N50 - длинна контига, для которого половина всех нуклеотидов в сборке сожержится в контигах такой и большей длины.
L50 - наименьшее число контигов, в которых содержится половина всех нуклеотидов сборки.
Скачивание сборки
| Файл | Описание содержимого |
| GCF_002863925.1_EquCab3.0_genomic.fna | В формате fasta указаны как полные последовательности хромосом, так и отедльные прочтения. Примечательно, что в отдельных прочтениях часто присуствуют неопредленные нуклеотиды, обозначенные NNN. |
| GCF_002863925.1_EquCab3.0_protein.faa | В формате fasta указаны последовтельности белков, в строке аннотации указаны их названия. |
| GCF_002863925.1_EquCab3.0_genomic.gbff | Указаны mRNA и соответсвующие SDS, их аннотация, которая включает в том числе координаты описываемых поселдовательностей. |
Как мнe кажется, выбранная сборака генома обладает высоким качеством. На это указывает наличие картированных хромосом и обозначенное на странице записи высокий показатель Quality analysis.