N-концевой домен, контактирующий с ДНК, имеет альфа-спиральную структуру. Для его описания недостаточно отображения по правилвм TOPS cartoons, поэтому рассмотрим его подробнее.
Домен состоит из четырёх альфа-спиралей, образующих супервторичную структуру helix-turn-helix. Каждый из углов между спиралями равен приблизительно 90 градусам.
Отмечу также, что подобная структура характерна для многих ДНК-контактирующих доменов белков как прокариот, так и эукариот (гомеодомены).