Поиск мотивов в последовательности PurR с помощью средств PROSITE
Работа с базой данных: Prosite
С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) были найдено 5 известных мотивов в последовательности PurR
|
Идентификатор паттерна |
Идентификатор документации PROSITE и краткое описание или название паттерна в соответствии с этим документом |
Паттерн (регулярное выражение) |
Число мотивов в последовательности моего белка |
|
PS00001* |
PDOC00001: сайт N-гликозилирования |
N-{P}-[ST]-{P} |
3 |
|
PS00005* |
PDOC00005: сайт фосфорилирования протеиновой киназы С |
[ST]-x-[RK] |
2 |
|
PS00006* |
PDOC00006: сайт фосфорилирования казеиновой киназы С |
[ST]-x(2)-[DE] |
4 |
|
PS00008* |
PDOC00008: сайт N-миристилации |
G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} |
4 |
|
PS00356** |
PDOC00366: HTH_LACI_1 LacI-type HTH domain signature |
[LIVM]-x-[DE]-[LIVM]-A-x(2)-[STAGV]-x-V-[GSTP]-x(2)- [STAG]-[LIVMA]-x(2)-[LIVMFYAN]-[LIVMC] |
1 |
* - часто встречающиеся в белках мотивы
** - паттерн мотива, для которого в PROSITE есть еще и профиль
Также найдены два профиля PSSM, соответствующие мотиву LacI
Выбран паттерн длиной 19 остатков. Для него проведено следующее сравнение:
|
Последовательность из PurR, удовлетворяющая паттерну |
IkDVAkrAnVSttTVshVI |
|
Последовательность, удовлетворяющая паттерну и не идентичная первой |
MwEIAhiSnVGfsTLwqYC |