Определение паралогов и ортологов в семействе глобинов


При рассмотрениии дерева сразу четко выделяются три ветви ортологов помимо миоглобинов. Они помечены на рисунке зелеными, синими и желтыми кружками. Паралоги отмечены стрелочками (человеческий белок, помеченный серой стрелкой, паралогичен белкам как из синей, так и из желтой области. Сомнительные случаи:

  • два белка из Gallus gallus в зеленой области (помечены голубыми стрелками) - нельзя сказать, какой из них ортологичен остальным белкам ветви, а какой исполняет иную функцию
  • Непонятно, относить ли белок из Danio, помеченный красным треугольником, к какому-либо семейству ортологов

Паралогичными являются также все белки из одного и того же организма, находящиеся в разных семействах ортологов

Сравнение филогенетического дерева ортологичных глутаминсинтетаз и таксономии организмов


При анализе таксономии исследуемых организмов и приведенного дерева можно сделать следующие выводы:

  1. судя по дереву, глутаминсинтетазы различных отрядов бактерий развивались независимо
  2. возникает ощущение, что бактериальные организмы произошли от архей, причем различные отряды бактерий отделились от различных ветвей архейных организмов
  3. при укоренении дерева скорее всего получилось бы, что белки архей имеют общего предка
  4. дерево, построенное на основе анализа глутаминсинтетаз, не в полной мере отображает таксономические связи между прокариотными организмами
  5. В принципе, если учитывать процессы горизонтального переноса генов в прокариотных организмов бактериофагами, такая картина независимой эволюции бактериальных глутаминсинтетаз может быть реальной


Таксономические сведения о родах, представленных в задании
при помощи сайта таксономии организмов NCBI


Назад

  • Главная страница