содержит информацию о структуре комплекса из белка (фермента) глутаминил-тРНК синтетазы (или глутамин-тРНК лигазы) и нуклеиновой кислоты - глутаминил-тРНК (мутантной?) из организма ESCHERICHIA COLI.

Весь комплекс состоит из двух цепей А - для белка (длина - 548 аминокислот) и В - для тРНК (длина - 74 нуклеотида).
Нумерация цепи РНК в PDB-записи: начальный нуклеотид 4297, конечный - 5810, модифицированных оснований нет.

(1)U GGGGUA U C GCCAAG C G G UA AGGCACCGAUU CUG AUUCCGGC AA G CGAGGUU C G A AU CCUCGUACCCC AGCCA(74)
Команда: find_pair -t 1euy.pdb stdout | analyze На выходе - файлы о структуре РНК, скрипт col_helices.scr использован для создания в RasMol модели, изображающей разным цветом участки разных спиралей.

Команда: find_pair -t 1euy.pdb pair На выходе - файл pair, согласно которому т-РНК содержит 3 спирали

начало конец длина
(нуклеотидов)
I спираль 1 13 13
II спираль 14 27 14
III спираль 28 28 1
т-РНК в остовной модели, участки цепей I, II, III и IV изображены красным, зеленым, синим и желтым соответственно; остальная часть т-РНК - серым цветом. Для концевых участков отмечены нуклеотиды и их номера. structure of glutaminyl t-RNA background white
restrict none
define hel1 910-915
define hel2 922-933
define hel3 948 - 956
define hel4 961-971
select hel1
color red
select hel2
color green
select hel3
color blue
select hel4
color yellow
select (hel1, hel2, hel3, hel4)
trace 180
select *b and not (hel1, hel2, hel3, hel4)
color grey
trace 120
select G903.P
label %n. %r 5'
select A976.P
label %n. %r 3'
color label black
save GIF myhelices.gif

Всего в структуре представлено 8 водородных связей между основаниями, не сводящийся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований; найти их можно в файле 1euy.out. 

  
	Strand I                                Strand II 




	(0.004) B:.954_:[..U]U-*--xA[..A]:.958_:B (0.010)     
   
	(0.004) B:.955_:[..U]Ux**+xG[..G]:.918_:B (0.009)     
   
	(0.007) B:.937_:[..A]A-*---U[..U]:.933_:B (0.005)     
   
	(0.006) B:.938_:[..U]U-*---U[..U]:.932_:B (0.004)     
   
	(0.004) B:.944_:[..C]Cx*---A[..A]:.926_:B (0.008)     
   
	(0.010) B:.913_:[..A]A-*--xA[..A]:.922_:B (0.009)     
   
	(0.018) B:.914_:[..A]A-**-xU[..U]:.908_:B (0.009)     
   
	(0.011) B:.915_:[..G]Gx**-xG[..G]:.948_:B (0.008)
внеспиральное взаимодействие
stacking
неканоническое взаимодействие U-A
U-A
неканоническое взаимодействие A-C
A-C
Команда: einverted (позволяет найти инвертированные последовательности в НК).
На выходе: (2 файла) rna.inv и его содержимое (выравнивание участка между 1-7 и 64-70 основаниями): 

          Score 21: 7/7 (100%) matches, 0 gaps 
 
	1	t	g	g	g	g	t	a	7   

		|	|	|	|	|	|	|	    

	70	a	c	c	c	c	a	t	64


Т.е., по мнению einverted, в исследуемой т-РНК имеет место двуспиральный участок.

Программа не дает исчерпывающих данных о третичной структуре; видимо, здесь не учитываются неканонические (не Уотсон-Криковские) взаимодействия, в отличие от программы find_pair.

tRNA команда
mfold SEQ=1euy.fasta

выдает возможные варианты существованя втричной структуры заданной последовательности. Запуская программу с параметром Р (=10, 15, 20...), можно добиться изображения оптимальной структуры (данный параметр указывает, на сколько процентов выдаваемое предсказание структуры может отличаться по своей вычисленной энергии от оптимального. Чем больше значение этого параметра, тем больше вариантов предсказания выдает программа). В моем случае оптимальным оказалось изображение, выданное программой при параметре Р=10.

* подробный отчет находится в файле Protocol8.doc

3 семестр
на главную



© Sandra