Заданный файл PDB: (EBV-NA1 (Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain) B3T) я скачала с сайта PDB.
В нем - данные о структуре ядерного белкового-ДНК комплекса (перманганат-сенсорного сайта ДНК, связанного с белком, источником которого является Вирус Эпштеqйна-Барр (ВЭБ, Вирус герпеса человека ВГЧ 4) (англ. Epstein-Barr virus, EBV, Human herpesvirus type 4, HHV-4) - вирус семейства Herpesviridae (герпесвирусы), члены которого имеют двуцепочечную ДНК и не имеют РНК-стадии) с именем EBNA1.
В структуре двойная цепь ДНК.
Контакты белка с ... Полярные амк Гидрофобные амк Всего
... остатками 2'-дезоксирибозы 15 74 89
... остатками фосфорной кислоты 40 48 88
... остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 3 4 7
... остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 4 -- 4
для поиска контактов я пользовалась скриптами: define и myscript

Я искала специфические контакты узнавания ДНК белком среди полярных и неполярных контактов белка с остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки. Один из них - взаимодействие кислорода из 102 остатка DG цепи С (на картинке - слева) с азотом из лизина цепи В (изображен справа) на расстоянии 2.76 A. DG-Lys contact background white
restrict none

select dg102
wireframe 120
select dg102c.O6
spacefill 200
select dg102c.CB
label DG:102. chain C
select Lys477:b
wireframe 120
select Lys477:b.nz
spacefill 200
select Lys477:b.CD
label LYS:477. chain B
set fontsize 10
set fontstroke 1

save GIF polarmjg.GIF
предмет данного исследования - структура связывающих ДНК и димеризующих ее доменов ядерного антигена1 вируса Эпштейна-Барра (EBNA1), который связывается и активирует репликацию ДНК, запуская ее механизмами латентной репликации в самом вирусе Эпштейна-Барра. EBNA1 связывает ДНК в двух независимых регионах: 1)близком к активному центру и 2)обрамляющему участок, сязывающий ДНК, доменах.

  • Домен, близкий к активному центру, который содержит и димеризующий домен, и спираль (предположительно связывающую часть ДНК-узнающего участка EBNA1, обращенного вовнутрь), оказался поразительно похож на структуру белка вируса папилломы Е2, не смотря на полное отсутствие консервативности последовательностей.

  • Обрамляющий домен, связывающий ДНК (только часть которого содержится в данной структуре) состоит частично из альфа-спирали, чей N-концевой участок взаимодействует с наружным ДНК-узнающим фрагментом EBNA1, обращенным наружу.

    • Команда: nucplot 1B3T.pdb
    DNA-Protein contacts
    DNA-Protein contacts
    * подробный отчет находится в файле Protocol9.doc

    3 семестр
    на главную



    © Sandra