(((A:70,B:70):30, (C:80,D:80):20):5, (E:70,F:70):4);
my tree 

Длина последовательности - 3592 нт
Мутант ABCD -  (3592/100)*5=180
               EF - 35.92*4=144
               CD - 35.92*20=718
               AB - 35.92*30=1078
                A - 35.92*70=2514
                B - 35.92*70=2514
                C - 35.92*80=2874
                D - 35.92*80=2874
	        E - 35.92*70=2514
	        F - 35.92*70=2514

последовательности мутантных генов были получены с помощью следующего скрипта
Последовательности, соответствующие листьям дерева, я поместила в файл ali.fasta .

Реконструкция дерева алгоритмом максимального правдоподобия (программа fdnaml, переборный алгоритм, строит неукорененное дерево):
fdnaml ali.fasta -ttratio 1 -auto (результат - в файле ali.fdnaml) 

  +---------------b         
  |  
  |         +f         
  |      +--4  
  |      |  +---------------e         
  1------3  
  |      |    +-------------------d         
  |      +----2  
  |           +-------------------c         
  |  
  +----------------a


Реконструкция дерева алгоритмами UPGMA или Neighbor-joining.
С помощью программы fdnadist считаем попарные расстояния между последовательностями (результат - в файле ali.fdnadist):
fdnadist ali.fasta -ttratio 1 -auto

Алгоритм Neighbor-joining (эвристический, неукорененное дерево).
Подаем файл на вход программе fneighbor:
fneighbor ali.fdnadist -auto -outfile alinj (результат - в файле alinj.fasta) 

  +----------------b         
  ! 
  !              +-------------------c         
  !       +------2 
  !       !      +-------------------d         
  1-------3 
  !       ! +----------------e         
  !       +-4 
  !         +f         
  ! 
  +----------------a


Алгоритм UPGMA (эвристический, ультраметрическое дерево):
fneighbor ali.fdnadist -treetype u -auto -outfile aliup (результат - в файле aliup.fasta) 

             +--------------------------------a         
           +-2 
           ! !                +---------------e         
  +--------3 +----------------1 
  !        !                  +---------------f         
  !        ! 
--5        +---------------------------------b         
  ! 
  !   +--------------------------------------c         
  +---4 
      +--------------------------------------d


A B C D E F исходное ML NJ UPGMA
* * ' ' ' ' + + + -
' ' * * ' ' + + + +
' ' ' ' * * + + + +
' * * * ' ' - - - +

Согласно таблице, равными исходному (имеющими одинаковую топологию) можно считать деревья, построенные с помощью алгоритмов ML и Neighbor-joining. UPGMA алгоритм построил дерево с ветвью AEF вместо ветви AB. Вероятно, ошибка возникла в связи с принципом "молекулярных часов", на котором основан данный алгоритм: скорость накопления мутаций - то, что составляет длину ветвей - одинакова для каждого листа, если считать от корня. Так же, это единственный из представленных алгоритмов, строящий укорененные деревья.
Сравнения деревьев и таблица разбиения представлены в отчете Protocol2.

4 семестр
на главную

© Sandra