Option setting
•	Codon table:
 Universal
 Vertebrate mitochondria
•	Remove gaps, inframe stop codons:
 No
 Yes 
o	Calculate KS and KA:
 No
 Yes (valid only if the input is a pair of sequences) 
(для того, чтобы получить значения KS и КА, необходимо в данном разделе отметить пункт Calculate KS and KA:	Yes (valid only if the input is a pair of sequences))

•	Remove mismatches: (mismatched codons between protein and DNA)
 No
 Yes
•	Use only selected positions ('#' under the input alignment):
 No
 Yes
•	Output format:
 CLUSTAL  PAML  FASTA  Codon with Amino acid 
(для того, что бы получить выравнивание генов с разбивкой на кодоны, отмечаем Output format: Codon with Amino acid )