Был проведен бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям
a, b, c, d моего дерева:
    С помощью программы fseqboot были созданы 100 бутстреп-реплик выравнивания
    (результат - в файле ali.fseqboot ):

    fseqboot ali.fasta -auto
    Полученные 100 выравниваний я обработала с помощью программы fdnaml
    (На выходе получила файл ali.treefile со скобочными формулами, соответствующими реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний):

    fdnaml ali.fseqboot -ttratio 1 -auto
    Этот файл я обработала программой fconsense и получила новое дерево
    (бескорневое! файлы ali3.treefile и ali.fconsense ) .


По топологии консенсусное дерево совпало с реальным
(для обоих вариантов - одинаковое разбиение листьев):



                                                                                     +------a
                	A  B  C  D  E  F                                      +100.0-|
                                                                              |      +------b
                	'  '  *  *  '  '                               +100.0-|
                                                                       |      |      +------f
                	*  *  '  '  '  '                        +------|      +-86.0-|
                                                                |      |             +------e
                	'  '  '  '  *  *                        |      |
                                                                |      +--------------------d
                                                                |
                                                                +---------------------------c
Как известно, бутстреп-значения помогают оценить достоверность реконструкции нашего дерева (соответствуют проценту встречаемости такой ветви во всех испробованных программой вариантах). Меньшее значение получила ветвь FE (на которой как раз располагается наш корень). Встретившиеся в моем случае значения - 86 и 100 (из 100 возможных) показывают, что данному дереву можно доверять. И если мы попытаемся обозначить на нем корень - сходство с исходным деревом станет более явным.
Файл, содержащий скобочную формулу полученного дерева, я подала на вход программе fdrawtree и, в результате небольших преобразований, получила такое изображение:
resulted tree
Подробный отчет находится в файле Protocol3

4 семестр
на главную

© Sandra