Задание 1

A-форма ДНК
gatc-a.pdb

z



B-форма ДНК
gatc-b.pdb

z



Z-форма ДНК
gatc-z.pdb

z



Задание 2

На рисунках показано одно из азотистых оснований (тимин) в структуре B-ДНК. Атомы синего цвета (N1, C2, O2, N3) смотрят в сторону малой бороздки, а атомы красного цвета (C4, O4, C5, C6, C7) в сторону большой

z z z



A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали правая правая левая
Шаг спирали (Å) 28.0 33.8 45.6 (в случае C-G динуклеотидов)
Число оснований на виток 12 10 12 (то же самое)
Ширина большой бороздки (Å) 18.5 (от цитозина) 20.6 (от гуанина) 18.3? (от цитозина)
Ширина малой бороздки (Å) 9.6 (от гуанина) 13.2 (от цитозина) 9.9 (от цитозина)

Задание 3

На примере 1EHZ (дрожжевая фенилаланиновая тРНК) разбираемся как работают программы find_pair и analyze из пакета 3DNA. Предварительно протонируем структуру. После применения конвейера find_pair -t mytrna.pdb stdout | analyze нас интересует файл mytrna.out, где мы хотим найти информацию о взаимодействии н.п.

Strand I Strand II Helix
1 (0.008) ....>-:...1_:[.RG]G-----C[.RC]:..72_:-<.... (0.006) |
2 (0.006) ....>-:...2_:[.RC]C-----G[.RG]:..71_:-<.... (0.013) |
3 (0.021) ....>-:...3_:[.RG]G-----C[.RC]:..70_:-<.... (0.018) |
4 (0.018) ....>-:...4_:[.RG]G-*---U[.RU]:..69_:-<.... (0.015) |
5 (0.018) ....>-:...5_:[.RA]A-----U[.RU]:..68_:-<.... (0.011) |
6 (0.011) ....>-:...6_:[.RU]U-----A[.RA]:..67_:-<.... (0.020) |
7 (0.008) ....>-:...7_:[.RU]U-----A[.RA]:..66_:-<.... (0.016) x
8 (0.013) ....>-:..41_:[.RU]U-----A[.RA]:..29_:-<.... (0.019) |
9 (0.010) ....>-:..42_:[.RG]G-----C[.RC]:..28_:-<.... (0.007) |
10 (0.025) ....>-:..43_:[.RG]G-----C[.RC]:..27_:-<.... (0.011) |
11 (0.026) ....>-:..45_:[.RG]G-**--C[.RC]:..25_:-<.... (0.011) |
12 (0.005) ....>-:..11_:[.RC]C-----G[.RG]:..24_:-<.... (0.013) |
13 (0.012) ....>-:..12_:[.RU]U-----A[.RA]:..23_:-<.... (0.030) |
14 (0.013) ....>-:..13_:[.RC]C-----G[.RG]:..22_:-<.... (0.017) |
15 (0.025) ....>-:..14_:[.RA]A-**--U[.RU]:...8_:-<.... (0.016) |
16 (0.021) ....>-:..15_:[.RG]G-**+-C[.RC]:..48_:-<.... (0.015) x
17 (0.026) ....>-:..19_:[.RG]G-----C[.RC]:..56_:-<.... (0.014) +
18 (0.014) ....>-:..33_:[.RU]U-**--A[.RA]:..36_:-<.... (0.015) +
19 (0.024) ....>-:..50_:[.RU]U-----A[.RA]:..64_:-<.... (0.014) |
20 (0.030) ....>-:..51_:[.RG]G-----C[.RC]:..63_:-<.... (0.016) |
21 (0.020) ....>-:..52_:[.RU]U-----A[.RA]:..62_:-<.... (0.016) |
22 (0.027) ....>-:..53_:[.RG]G-----C[.RC]:..61_:-<.... (0.012) |

Note: This structure contains 5[4] non-Watson-Crick base-pairs.
****************************************************************************
Detailed H-bond information: atom-name pair and length [ O N]
1 G-----C [3] O6 - N4 2.83 N1 - N3 2.88 N2 - O2 2.84
2 C-----G [3] O2 - N2 3.01 N3 - N1 2.97 N4 - O6 2.86
3 G-----C [3] O6 - N4 2.94 N1 - N3 2.87 N2 - O2 2.76
4 G-*---U [2] O6 - N3 2.91 N1 - O2 2.82
5 A-----U [2] N6 - O4 3.15 N1 - N3 2.88
6 U-----A [2] N3 - N1 2.78 O4 - N6 3.04
7 U-----A [2] N3 - N1 2.73 O4 - N6 2.80
8 U-----A [2] N3 - N1 2.87 O4 - N6 3.06
9 G-----C [3] O6 - N4 3.15 N1 - N3 2.98 N2 - O2 2.77
10 G-----C [3] O6 - N4 2.92 N1 - N3 2.98 N2 - O2 3.02
11 G-**--C [1] N2 * N4 3.94
12 C-----G [3] O2 - N2 2.70 N3 - N1 2.82 N4 - O6 3.00
13 U-----A [2] N3 - N1 2.95 O4 - N6 2.81
14 C-----G [3] O2 - N2 2.73 N3 - N1 2.90 N4 - O6 2.88
15 A-**--U [2] N7 - N3 2.74 N6 - O2 3.00
16 G-**+-C [2] N1 - O2 2.78 N2 - N3 2.83
17 G-----C [3] O6 - N4 3.03 N1 - N3 2.93 N2 - O2 2.82
18 U-**--A [1] N3 - OP2 2.80
19 U-----A [2] N3 - N1 2.79 O4 - N6 2.81
20 G-----C [3] O6 - N4 2.89 N1 - N3 2.80 N2 - O2 2.74
21 U-----A [2] N3 - N1 2.82 O4 - N6 2.96
22 G-----C [3] O6 - N4 2.95 N1 - N3 2.87 N2 - O2 2.80
****************************************************************************

1) Координаты стеблей (номера нуклеотидов): I) 1-6 : 72-76; II) 41-45,11-14 : 29-22,8; III) 50-53 : 64-61
2) Неканонические пары оснований: 4 : 69 (G:U; 2 водородные связи); 45 :25 (G:C; 1 связь); 14 : 8 (A:U; 2 связи(но неканоничные)); 15 : 48 (GC; 2 связи); 33 : 36 (U:A; 1 связь)
3) Стабилизация третичной структуры (изолированные пары): 19 : 56 (G:C); 33 : 36 (U:A)