Задание 1
| Позиции в структуре (по результатам find_pair ) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
| Акцепторный стебель | 1-7 : 72-66 | ? | 1-7 : 72-66 + 73-76 |
| D-стебель | 10-13 : 25-22 | ? | 10-13 : 25-22 |
| T-стебель | 49-53 : 65-61 | 49-53 : 65-61 | 49-53 : 65-61 |
| Антикодоновый стебель | 26-32 : 44-38 | ? | 27-31 : 43-39 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 13 | 21 |
Задание 2
Работаем с ДНК-белковым комплексом 1AAY.
Выбираем полярные/неполярные атомы принадлежащие ДНК/белку:
sel dnan, (chain B or chain C) and (elem C or elem P or elem S)
sel dnap, (chain B or chain C) and (elem N or elem O)
sel pron, (chain A) and (elem C or elem P or elem S)
sel prop, (chain A) and (elem N or elem O or elem Mg)
Далее выбираем из ДНК и белка неполярные и полярные атомы на расстоянии 4.5 и 3.5 ангстрема соответственно:
sel n, dnan within 4.5 of pron #все полярные контакты
sel p, dnap within 3.5 of prop #все неполярные контакты
sel phosphates, name P+O1P+O2P+O3'+O5' #фосфаты
sel riboses, resn DA+DT+DG+DC and name C1'+C2'+C3'+C4'+C5'+O4' #дезоксирибозы
sel nuc, (resn DA+DT+DG+DC) and (name N1+N2+N3+N4+N6+N7+N9+C2+C4+C5+C6+C8+O2+O4+O6) #нуклеотиды
| Контакты атомов белка с: | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 0 | 11 | 11 |
| остатками фосфорной кислоты | 11 | 7 | 18 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 17 | 26 | 43 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
В основном контакты с азотистыми основаниями, при чем со стороны большой бороздки. Так вышло, потому что это цинковый палец, он входит в большую бороздку:
Все еще работаем с 1AAY
выдача nucplot (pdf)
Аминокислотный остаток с наибольшим числом водородных связей с ДНК (Arg180: 2 контакта с G2 и один через воду с G60):
Аминокислотные остатки наиболее важные для распознавания последовательности ДНК - аргинины (связываются с гуанинами) и аспарагиновые к-ты (связываются с цитозинами), заходящие в большую бороздку:
