Учебный сайт Саши Якушевой

Второй семестр

Главная

Семестры

Обо мне

Ссылки

Освоение навыков работы в BLAST.

В качестве первого задания было предложено найти гомологов выданного мне белка в базе SwissProt. Выполняется это с помощью ProteinBLAST (pBLAST). На выходе имеем таблицу с несколькими параметрами. Они означают следующее:
  • Max Score - максимальный вес выравнивания одного фрагмента
  • Total Score - полный вес выравнивания всех фрагментов (совпадает с Max Score, если выравнивается 1 фрагмент)
  • Query Cover - процент покрытия данной последовательности и белка-гомолога
  • E-value - количество ожидаемых случайных находок с таким же или, может быть, лучшим счетом
  • Ident - процент совпадения (идентичности)
  • Accession - AC number базы Uniprot для данного белка

Рисунок 1. Результат поиска в BLAST.


Далее нужно было выбрать гомолога, я выбрала белок с AC Q8Y678.1. Serine/threonine phosphatase stp из Listeria monocytogenes EGD-e. С помощью Align two or more sequences в BLAST надо было получить карту локального сходства.

Рисунок 2. Матрица локального сходства.


Дальше нужно было проверить, сколько есть гомологов среди эукариот. Для это в качестве параметров на вход в pBLAST надо задать eukaryotes (taxid:2759). В базе данных nr было найдено 100 гомологов. Среди которых 7 были выбраны для дальнейшей работы.

Рисунок 3. Выбранные гомологи.


Далее было построено множественное выравнивание и проанализированно с помощью программы Jalview. Результат представлен на рисунке 4, в формате fasta по ссылке и в формате jar по ссылке.

Рисунок 4. Множественное выравнивание, полученное в Jalview.

© Саша Якушева, 2013
sashayakusheva@fbb.msu.ru
Last modification date: 27.12.2013