Учебный сайт Саши Якушевой

Второй семестр

Главная

Семестры

Обо мне

Ссылки

Структура белка семейства E II стадии споруляции (Stage II Sporulation E Family Protein from Thermanaerovibrio acidaminovorans)

Задания данного практикума выполнялись для белка с идентификатором 3RNR в базе данных Protein Data Base (Protein Data Bank 3RNR Structure Summary).На рисунке 1 представлено изображение трёхмерной структуры данного белка, полученно с помощью программы Jmol.

Рис. 1. Трёхмерная структура белка с идентификатором 3RNR из Thermanaerovibrio acidaminovorans. Цепь А изображена синим цветом в модели wireframe. Цепь B - оранжевым цветом в модели ribbons. Молекулы воды изображены в виде маленьких красных шариков. В модели cpk показаны молекулы глицерина.

Для того, чтобы получить такое изображение, можно воспользоваться скриптом:

load home/students/y13/sashayakusheva/term2/block2/credits/3RNR.pdb
zoom 75
cpk 5
cpk 50
select :A
colour blue
select :B
colour orange
select :B
cartoon off
ribbons
select :A
cartoon off
wireframe 50
select HOH
color cpk
cpk 100
background white
rotate x 150
rotate x 20
rotate y 40
rotate y 320
select [GOL]
cpk

В таблице 1 приведена информация о структуре описываемого белка, полученная из pdb-файла 3RNR.pdb при помощи интерпретатора командной строки bash, используя команду egrep "^TITLE|ORGANISM_SCIENTIFIC|^COMPND|^HETNAM|^FORMUL|^EXPDTA|REMARK 2" 3RNR.pdb | tr [A-Z] [a-z] > Yakusheva_pr2.txt.

Таблица 1. Информация о трехмерной структуре белка семейства E II стадии споруляции (Stage II Sporulation E Family Protein (идентификатор PDB 3RNR) из бактерии Thermanaerovibrio acidaminovorans)

Поле Значение
title (Название) crystal structure of stage ii sporulation e family protein from Thermanaerovibrio acidaminovorans (белок семейства E II стадии споруляции бактерии Thermanaerovibrio acidaminovorans)
compnd (Информация о молекулах) mol_id: 1
molecule: stage ii sporulation e family protein (белок второй стадии споруляции);
chain: a, b (есть две цепи: A и B);
engineered: yes (молекула синтезирована искусственно);
source (Источник) organism_scientific: Thermanaerovibrio acidaminovorans (бактерия Thermanaerovibrio acidaminovorans)
expdta (Метод) x-ray diffraction (рентгеноструктурный анализ)
remark 2 (Примечание) resolution. 2.00 Å (разрешение 2.00 Å)
hetnam (Малые молекулы) mse selenomethionine (селенметионин C5H11NO2Se)
gol glycerol (глицерин C3H8O3)
acy acetic acid (уксусная кислота CH3COOH)
edo 1,2-ethanediol (этиленгликоль C2H6O2)
formul (Формулы) mse 12(c5 h11 n o2 se)
gol 12(c3 h8 o3)
acy c2 h4 o2
edo 2(c2 h6 o2)
hoh *283(h2 o)

© Саша Якушева, 2013
sashayakusheva@fbb.msu.ru
Last modification date: 27.12.2013