Учебный сайт Саши Якушевой |
||||
Второй семестр |
||||
Главная |
Семестры |
Обо мне |
Ссылки |
|
|
Внутримолекулярные взаимодействия боковых цепей - солевые мостики, водородные связи, не являющиеся солевыми мостиками, дисульфидные связи Солевые мостики Солевой мостик — химическая связь, которая образуется в белке между положительно и отрицательно заряженными атомами боковых цепей. В одной цепи (В) белка семейства E II стадии споруляции (Stage II Sporulation E Family Protein from Thermanaerovibrio acidaminovorans) нашлось 6 солевых мостиков (рисунок 1). Для того чтобы найти все аминокислотные остатки, между которыми могут возникать солевые мостики, можно воспользоваться atom-types скриптом и командами в программе Jmol: select within (GROUP, within (3.5, hbpositive) and hbnegative) or within (GROUP, within (3.5, hbnegative) and hbpositive)
Рис. 1.Солевые мостики в цепи В белка. Раскраска атомов: серые — атомы углерода, голубые — атомы азота, красные — кислорода, в модели wireframe. На рисунке 2 показано взаимодействие между парой аминокислот ASP 162 и ARG 92. Здесь мы можем наблюдать 3 солевых мостика, в образовании которых участвуют два атома азота аргининовой кислоты и два атома кислорода аспарагина. 
Рис. 2.Солевой мостик между аспарагиновой кислотой и аргинином. Раскраска атомов: серые — атомы углерода, голубые — атомы азота, красные — кислорода. Зелёным пунктиром обозначены солевые мостики, они пронумерованы и имеют следующие длины: №1 - 2,78 Å, №2 - 3,37 Å, №3 - 2,86 Å. Водородная связь, не являющаяся солевым мостиком Водородные связи возникают между водородом, связанным с электроотрицательным атомом, и другим электроотрицательным атомом. В белке семейства E II стадии споруляции (Stage II Sporulation E Family Protein from Thermanaerovibrio acidaminovorans) такая водородная связь образуется между водородом NH2-группы гистидина (HIS 169) и кислородом СО-группы серина (SER 167). Длина этой связи равна 3.40 Å (рисунок 3). 
Рис. 3. Водородная связь между гистидином (HIS 169) и серином (SER 167), связь показана пунктиром. Раскраска cpk. Дисульфидный мостик между цистеинами. Дисульфидные мостики образуются между радикалами цистеинов. В белке белке семейства E II стадии споруляции (Stage II Sporulation E Family Protein from Thermanaerovibrio acidaminovorans) дисульфидных мостиков нет, так как цистеины находятся слишком далеко друг от друга, чтобы образовывать связь. Поэтому рассмотрим этот вид взаимодействий между радикалами на примере инсулина (идентификатор PDB 4FG3) на рисунке 4. 
Рис. 4.Дисульфидный мостик между CYS19 цепи D и CYS11 цепи C в инсулине человека (идентификатор PDB 4FG3). Атомы серы покрашены в жёлтый цвет, приведены значения углов, характеризующих дисульфидную связь, и расстояние между атомами серы. © Саша Якушева, 2013
|