Учебный сайт Саши Якушевой

Второй семестр

Главная

Семестры

Обо мне

Ссылки

      В PDB файле указаны 3 лиганда: уксусная кислота, 1,2 этандиол, глицерин. Остановимся на каждом по-отдельности. 1,2 этандиол, скорее всего, не является артефактам данного белка, т.к. находится на довольно большом расстоянии от белка и не связан с ним никакими химическими связями. Что касается уксусной кислоты и глицерина, то оба могут использоваться в качестве лиганда. Я предпочла глицерин, т. к. многие молекулы этого лиганда находятся внутри самого белка, а значит возможно играют какую-то важную биологическую роль. Уксусная кислота же располагается на переферии белка, область ее контакта с белком не представляет ничего интересного. Итак, я выбрала лиганд - глицерин, английское название - GLYCEROL, в файле PDB его однозначно можно найти по имени GOL. На Рис.1 изображение белка со всеми его лигандами.

Рис.1 Изображение белка со всеми его лигандами. Жёлтым изображен глицерин - выбранный лиганд. Белок выполнен в модели cartoons , а лиганды в модели cpk, wireframe.

Область контакта c лигандом глицерином в структуре белка семейства E II стадии споруляции (Stage II Sporulation E Family Protein from Thermanaerovibrio acidaminovorans, идентификатор PDB 3RNR)

      На Рис.2 можно увидеть область контакта GOL216 с белком. Между отрицательно заряженным кислородом в глицирине и положительно заряженным азотом в аргинине возникает водородная связь (находятся на расстоянии менее 3,5А. На рисунке водородная связь отображена пунктирной линией. Помимо этого, глицерин связан с лизином через водяной мостик. Здесь можно просмотреть скрипт, при помощи которого был сделан данный рисунок.


Рис.2 Окружение лиганда. Глицерин 216 изображен синим, раскраска аминокислотам cpk. Водородная связь изображена пунктиром.

© Саша Якушева, 2013
sashayakusheva@fbb.msu.ru
Last modification date: 27.12.2013