Учебный сайт Саши Якушевой |
||||
Второй семестр |
||||
Главная |
Семестры |
Обо мне |
Ссылки |
|
|
Совмещение структур белков Задания данного практикума выполнялись для белка с идентификатором 2MAB в базе данных Protein Data Base (Protein Data Bank 2MAB Structure Summary). Это белок гроздевидного спидроина, полученный из паука вида Nephila antipodiana. Он состоит из двух цепей, A и B, его длина 109 аминокислотных остатков. Для поиска его структурных гомологов использовался сервис PDBeFold. Поиск осущетвлялся по цепи А, в ходе работы сервиса было просмотрено 100 947 pdb-файлов и 265 812 цепей, всего обнаружено 38 находок. Из найденных гомологов я выбрала белок кругловидного спидроина с идентификатором 2MFZ в базе данных PDB, состоящий из двух цепей, длиной 125 а.к., полученный из паука вида Araneus ventricosus. Сравнить эти белки можно с помощью таблицы 1. Таблица 1. Сравнение белков 1MAB и 2MFZ, с помощью PDBeFold.
На рисунке 1 представлено совмещение остовных цепей этих белков. На нём видно, что из-за того, что молекула кругловидного спидроина на 16 а.к. длинее, есть участок, который не совмещается с молекулой гроздевидного спидроина. 
Рис. 1.Два белка в модели backbone в Jmol. Сини цветом - белок гроздевидного спидроина, зелёным - кругловидного. На рисунке 2 расмотрен участок, на котором хорошо видно и совпадающий и несовпадающий участки. Геометрическое ядро было выделено с помощью следующих команд: select (68-82:A or 70-84:B) and (within(1.75, *A.CA)) and backbone and *B.CA 
Рис. 2.Фрагмент совмещения остовных цепей белка гроздевидного спидроина (с 28 по 44 а.к.) и белка кругловидного спидроина (с 45 по 55 а.к.). Фиолетовым цветом показана цепь гроздевидного спидроина, оранжевым - кругловидного. Серым цветом отмечен участок цепи молекулы гроздевидного спидроина, не имеющий аналога в цепи кругловидного спидроина. Геометрическое ядро показано в шариковой модели. © Саша Якушева, 2013
|