Учебный сайт Саши Якушевой

Второй семестр

Главная

Семестры

Обо мне

Ссылки

Работа в Uniprot, поиск по аннотации

С помощью расширенного поиска по базе данных Uniprot я нашла все компоненты АТФ-синтазы бактерии Thermanaerovibrio acidaminovorans (strain ATCC 49978 / DSM 6589 / Su883). Этапы поиска представлены в таблице 1.

Таблица 1. Запросы, использованные для поиска субъединиц АТФ-синтазы бактерии Thermanaerovibrio acidaminovorans (strain ATCC 49978 / DSM 6589 / Su883)

Строка запроса Число записей Из SwissProt Комментарии
taxonomy:"Thermanaerovibrio acidaminovorans" 1738 2
taxonomy:"Thermanaerovibrio acidaminovorans" and taxonomy:"DSM" 1738 2 Проверила, есть ли в базе данных другие штаммы этой бактерии, число находок не изменилось, значит, нет
taxonomy:"Thermanaerovibrio acidaminovorans" and taxonomy:"DSM" and name:"atp" and name:"synthase" 8 0 При этом найден лишний белок-синтаза, зависимый от АТФ
taxonomy:"Thermanaerovibrio acidaminovorans" and taxonomy:"DSM" and name:"atp synthase" 7 0 Поиск компонентов АТФ-синтазы, лишних белков не найдено, скриншот с результатами на рисунке 1

Таким образом, было найдено 7 компонентов АТФ-синтазы, записи о них не проверены экспертом (находятся в UniProtKB/TrEMBL). Все кроме одного вероятны исходя из гомологии, об оставшемся лишь предполагается существование и функция. Это говорит о низкой изученности этой бактерии.

Рисунок 1. Результаты поиска компонентов АТФ-синтазы бактерии Thermanaerovibrio acidaminovorans (strain ATCC 49978 / DSM 6589 / Su883)

Части АТФ-синтазы не колокализованны в геноме, рядом находятся первый и второй, а также третий и четвертый (гены названы соседними цифрами). Поэтому скорее всего они не образуют оперон.

Fasta-файл с находками можно посмотреть здесь.

Также я нашла компоненты АТФ-синтазы близкого к моей бактерии организма, из того же рода. Для этого я поставила условия, что найденные белки должны относится к роду Thermanaerovibrio, но при этом не освпадать с уже рассмотренным. Формулировка запроса представлена в таблице 2.

Таблица 2. Запрос, использованный для поиска субъединиц АТФ-синтазы бактерий рода Thermanaerovibrio (кроме рассмотренного)

Строка запроса Число записей Из SwissProt Комментарии
taxonomy:"Thermanaerovibrio" not taxonomy:"acidaminovorans" and name:"atp synthase" 8 0 Последний запрос я изменила, добавив критерии на таксономическое положение организма

Было найдено 8 записей Uniprot, все соотвествуют задаче, то есть на один белок больше, чем в первом случае. Скриншот результата представлен на рисунке 2. Находки сходными с результатами первого поиска. Первые 4 белка также попарно колокализованны и их названия совпадают с названиями белков Thermanaerovibrio acidaminovorans. Два гена, отвечающие субъединице D также встречаются в обоих организмах.

Бактерия Thermanaerovibrio velox, надейнная во втором поиске, также мало изучена, белки компонентов АТФ-синтазы предполагаются из гомологии, а один из них имеет еще более низкий уровень достоверности.

Рисунок 2. Результаты поиска компонентов АТФ-синтазы бактерий рода Thermanaerovibrio (кроме acidaminovorans)

Fasta-файл с находками по другому виду можно посмотреть здесь.

Uniprot позволяет искать гомологи белков с помощью встроенного сервиса BLAST. На вход ему дается последовательность белка, а на выходе предоставляется список белков, предположительно гомологичных исходному (по сходству последовательностей). Для цепи &beta АТФ-синтазы бактерии Thermanaerovibrio acidaminovorans было найдено 250 белков. Скриншот выборки из 10 белков представлен на рисунке 3.

Рисунок 3. Результаты поиска гомологов одного из компонентов АТФ-синтазы Thermanaerovibrio acidaminovorans (цепи β)

Fasta-файл с найденными гомологами можно посмотреть здесь.

© Саша Якушева, 2013
sashayakusheva@fbb.msu.ru
Last modification date: 27.12.2013