Учебный сайт Саши Якушевой |
||||
Второй семестр |
||||
Главная |
Семестры |
Обо мне |
Ссылки |
|
|
Понятие о выравнивании Задания данного практикума выполнялись для выравнивания aln1_4.fa. Наглядное представление данного выравнивания можно увидеть на рис. 1. 
Рис. 1. Исходное выравнивание в раскраске ClustalX. Консервативность "Above identity threshold" >70%. Было найдено 2 консервативных блока данного выравнивания. Их можно наблюдать на рис. 2   Рис. 2. Гомологичные участки выравнивания в раскраске ClustalX. Координаты первого блока: 123-142, второго: 241-259. Консервативность "Above identity threshold" >70%. Всего во втором блоке выравнивания 19 колонок, из них абсолютно консервативных позиций - 8 (42,1%), консервативных на 70% и более - 13 (68,4%), функционально консервативных - 14 (73,7%), функционально консервативных на 70% и более - 18 (94,7%). На рис. 3 представлен участок выравнивания, на котором последовательности CAEEL и LOALO гомологичны, а остатки остальных - скорее негомологичны (такой вывод можно сделать, учитываю тот факт, что при переходе от выравнивания этих двух последовательностей к общему выравниванию на данном участке количество покрашенных колонок резко уменьшилось).  Рис. 3. Участок выравнивания, на котором гомологичны последовательности CAEEL и LOALO, но остальные последовательности скорее негомологичны им. В раскраске ClustalX, консервативность "Above identity threshold" >70%. На рис. 4 представлен участок выравнивания между двумя вертикальными блоками. Всего в данном участке 43 позиции, из них с гэпами - 3 (что составляет 7%).  Рис. 4. Участок с близко расположенными вертикальными блоками в раскраске ClustalX. Консервативность "Above identity threshold" >70%. Дополнительная последовательность seqdump1_4.fasta была выравнена относительно второго блока. Изображение получившегося выравнивания можно наблюдать на рис. 5.  Рис. 5. Выравнивание последовательности относительно второго блока в раскраске ClustalX. Консервативность "Above identity threshold" >70%. Консенсус второго блока: На рис. 6 представлено LOGO второго блока, полученное с помощью сервиса weblogo.  Рис. 6. LOGO второго блока. На рис. 7 показаны два блока выравнивания заведомо негомологичных последовательностей (выравнивание пяти последовательностей белков, с которыми работают студенты 1 курса, было получено с помощью Jalview, файл с выравниванием можно скачать здесь. Видно, что блоки очень "плохие", абсолютно консервативных позиций вообще нет, покрашенных колонок мало даже при консервативности 0%. Всё это доказывает наше предположение о негомологичности данных последовательностей.   Рис. 7. "Блоки" выравнивания негомологичных последовательностей в раскраске ClustalX. Координаты первого блока: 201-210, второго: 253-262. Консервативность "Above identity threshold" 0%. © Саша Якушева, 2013
|