Учебный сайт Саши Якушевой |
||||
Второй семестр |
||||
Главная |
Семестры |
Обо мне |
Ссылки |
|
|
Предсказание парных выравниваний Задания данного практикума выполнялись для выравнивания aln_09.fasta. Наглядное представление данного выравнивания можно увидеть на рис. 1. Из данного множественного выравнивания было получено следующее парное выравнивание. Его наглядное представление можно увидеть на рис. 2 
Рис. 1. Исходное выравнивание в раскраске ClustalX. Консервативность "Above identity threshold" >70%. 
Рис. 2. Парное выравнивание, полученное из исходного множественного выравнивания. Раскраска ClustalX, консервативность 70%. С помощью программ needle и water на kodomo были получены глобальные и локальные выравнивания данных последовательностей (для получения файлов в формате .fasta была использована опция -aformat3 fasta). Полученные файлы: для глобального выравнивания - .needle и .fasta, для локального выравнивания - .water и .fasta. Глобальное выравнивание представлено на рис. 3, локального - на рис. 4. 
Рис. 3. Глобальное выравнивание гомологичных последовательностей. Раскраска ClustalX, консервативность 70%. 
Рис. 4. Локальное выравнивание гомологичных последовательностей. Раскраска ClustalX, консервативность 70%. Аналогичные действия были проделаны для двух негомологичных последовательностей. Полученные файлы: для глобального выравнивания - .needle и .fasta, для локального выравнивания - .water и .fasta. Глобальное выравнивание представлено на рис. 5, локального - на рис. 6. 
Рис. 5. Глобальное выравнивание негомологичных последовательностей. Раскраска ClustalX, консервативность 70%. 
Рис. 6. Локальное выравнивание негомологичных последовательностей. Раскраска ClustalX, консервативность 70%. Подробная информация о всех пяти полученных выравниваниях представлена в таблице 1. Таблица 1. Характеристики полученных выравниваний
Длина локального выравнивания для негомологичных последовательностей намного меньше длины соотвествующего глобального выравнивания (когда как для гомологичных последовательностей эти выравнивания слабо различаются по характеристикам). Соответственно, наше предположение о негомологичности этих последовательностей подтверждается. Далее было проведено сравнение парного выравнивание с needle-выравниванием. Для этого выравнивания были помещены в одно окно Jalview (в парное выравнивание пришлось добавить гэпы). Изображение, иллюстрирующее сравнение этих выравниваний, представлено на рис. 7. Выравнивания различаются в позициях 40, 42, 78-91, 110-111, 115-127. Участок различия (позиции 78-91) данных выравниваний, заключенный между 5-ю совпадающими колонками, представлен на рис. 8. Число различающихся колонок на данном участке - 14. 
Рис. 7. Сравнение выравниваний. Раскраска ClustalX, консервативность 70%.  Рис. 8. Участок различия выравниваний, заключенный между 5-ю совпадающими колонками. Раскраска ClustalX, консервативность 70%. Для парного и глобального выравнивания была проведена проверка на правильность. Символом "+" были отмечены колонки, предположительно достоверные на основе самого выравнивания, символом "s" - совмещающиеся по пространственной структуре остатки (были выявлены с помощью скрипта, созданного программой sup_check.exe и затем открытого в Rasmol). Цифрой "1" были помечены ошибки первого рода (С-альфа атомы колонки, помеченной "+", не совмещаются), цифрой "2" - ошибки второго рода (атомы совмещаются, но колонка не помечена "+"). Парное выравнивание с указанием ошибок - на рис. 9, глобальное - на рис. 10. 
Рис. 9. Парное выравнивание, полученное их множественного выравнивания, с указанием ошибок. Раскраска ClustalX, консервативность 70%. 
Рис. 10. Глобальное выравнивание, полученное с помощью программы needle, с указанием ошибок. Раскраска ClustalX, консервативность 70%. Всего в парном выравнивании было обнаружено 12 ошибок первого рода (8,3%), 57 ошибки второго рода (39,6%). В глобальном выравнивании: 15 ошибок первого рода (10,1%) и 57 ошибок второго рода (38,5%). © Саша Якушева, 2013
|