Учебный сайт Саши Якушевой |
||||
Второй семестр |
||||
Главная |
Семестры |
Обо мне |
Ссылки |
Поиск семейств гомологов, работа с PSI-BLAST Я выбрала последовательность с идентификатором Q1AHR3. Чтобы найти семейство гомологов использовался PSI-BLAST. Результаты его работы после 3 итераций представлены в таблице 1. Таблица 1. Результаты итераций работы PSI-BLAST
Как видно из таблицы 1, после первого запуска отличие E-value лучшей находки ниже порога и худшей выше порога довольно сильно отличается. Но после второй итерации добавились еще 3 находки, а это различие уменьшилось. Для стабилизации я запустила еще одну итерацию. Новых белков не добавилось, но различие E-value увеличилось на 8 порядков. Дальнейшие итерации не нужны. Таким образом семейство белка с идентификатором Q1AHR3 включает 42 последовательности. Скаченные последовательности в формате fasta можно скачать здесь. PSI-BLAST, кроме всего прочего, нашел 2 последовательности, непохожие на другие, их можно расценить за ошибки, поэтому я удалила их из итогового выравнивания. Найденные PSI-BLAST последовательности можно разделить на 2 подсемейства, которые легко различимы по длине последовательностей. © Саша Якушева, 2014
|