Учебный сайт Саши Якушевой |
||||
Второй семестр |
||||
Главная |
Семестры |
Обо мне |
Ссылки |
|
|
Мотивы, MEME & ProSite Задание данного практикума выполнялось для множественного выравнивания 7 последовательностей из множественного выравнивания 10 практикума. Для этого я воспользовалась сервисом Prosite. Сервис нашёл мотив C_TYPE_LECTIN_2 (с идентификатором PS50041) во всех последовательностях, а второй мотив C_TYPE_LECTIN_1 (с идентификатором PS00615) был найден только в четырёх. Далее я использовала мотив C_TYPE_LECTIN_2. На рис. 1 выделена часть этого мотива (участок 81-129), которая содержит консервативные цистеины (они участвуют в образовании дисульфидной связи). Больше о мотиве можно узнать здесь. 
Рис. 1. Выравнивание в раскраске ClustalX. Консервативность 70%. Красной рамкой выделен мотив. На основе выравнивания я составила сильный паттерн мотива: C-x(7)-H-L-V-S-x(2)-[SN]-x(2)-E-x(2)-F-V-x(2)-L-x(10,12)-W-[IM]-G-L-x(6,8)-C-x(3)-W-[SN]-x-[AG]-x(2)-[VIL]-x-Y-x(8,10)-C-x(9,11)-W-x(4)-C-x(6)-V-C. На запрос с данным паттерном Prosite выдаёт 61 последовательность, включая исходные. 26 из них найдено в Swiss-Prot, остальные 35 — в TrEMBL. Далее был составлен слабый паттерн: C-x(34,36)-W-x(9,11)-C-x(3)-W-x(16,18)-C-x(9,11)-W-x(4)-C-x(7)-C. Все аминокислоты, кроме консервативных цистеинов (они необходимы для образования дисульфидной связи, и убрать их нельзя) и триптофанов, были заменены на "x", т.е. в их положении могут находится любые другие. В результате было найдено всего 206 последовательностей: 86 — в TreMBL, 120 — в Swiss-Prot. © Саша Якушева, 2013
|