Учебный сайт Саши Якушевой

Второй семестр

Главная

Семестры

Обо мне

Ссылки

3. A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1


      С помощью программы fiber пакета 3DNA построены модели ДНК в формах A, B, Z с последовательностью GATC. Полученные структуры: A-форма, B-форма, Z-форма.

Задание 2. Упражнение 1


      С помощью программы JMol получены изображения сахарофосфатного остова, всех нуклеотидов, всех аденинов, атомов N7 во всех гуанинах и только в первом гуанине А-формы ДНК..

Рис.1 Сахарофосфатный остов выделен синим цветом.

Рис.2 Все нуклеотиды.

Рис.3 Все аденины, выделены wireframe и покрашены cpk.

Рис.4 Атомы N7 для всех гуанинов. Проволочная модель ДНК, гуанины выделены wireframe, атомы выделены cpk и покрашены в синий.

Рис.5 Атом N7 первого гуанина. Атом выделен зеленым цветом.

Задание 2. Упражнения 2 и 3


      Скачаны файлы: 1LRR.pdb, 1QTQ.pdb. Разрывов в структурах НК не обнаружено. Сохранены координаты атомов только ДНК и РНК.

Рис.6. Нет разрывов в ДНК.

Рис.7. Нет разрывов в РНК.

Задание 3.


      В сторону большой бороздки обращены атомы С4, О4, С5, С5М, С6. в сторону малой бороздки обращены атомы N1, С2, O2. Атом N3 не имеет определенного направления.

Рис.8. Графическое представление структуры тимина. Атомы, обозначенные красным цветом, направлены в сторону большой бороздки в стуктуре дуплекса ДНК, атомы синего цвета направлены в сторону малой бороздки.

© Саша Якушева, 2013
sashayakusheva@fbb.msu.ru
Last modification date: 27.12.2013