Учебный сайт Саши Якушевой |
||||
Второй семестр |
||||
Главная |
Семестры |
Обо мне |
Ссылки |
Работа в Uniprot, поиск ортологов В базе данных Uniprot я искала ортологи белка споруляции 2 стадии. Его идентификатор которого в базе данных Refseq protein YP_003318195.1, а в Uniprot - D1B7C2. Здесь представлена ссылка на запись о нем в Uniprot. Ортологи - белки различных организмов, произошедших от общего предка, выполняющие одни и те же функции. Поэтому я искала белки из семейства Synergistaceae, в названиях которых есть слово sporulation и цифра II. Было найдено 2 белка, один из которых исходный. Повышение ранга групп для поиска (вплоть до порядка) не расширяет круг находок. Без условия на наличие цифры II находится довольно много белков, однако относящихся к другой стадии споруляции, поэтому они не могут быть ортологами. Кроме того, есть несколько неохарактеризованных белков (если усуществлять поиск по всей записи, а не по названию). Для этих белков указана возможная или установелнная причастность к процессу споруляции. При этом стадия не указывается, поэтому без дальнейших исследований их нельзя отнести к числу ортологов. Таким образом, мне удалось найти только 1 ортолог, сравнение информации о нем и исходном белке представлено в таблице 1. Таблица 1. Сравнение записей об исходном белке и его ортологе
Одной из искусственных модификаций является реакция встраивания селенметионина вместо природного метионина на 16, 19, 71, 114, 129, 175 позициях. Исходный белок состоит из 2 цепей со сходной последовательностью, эта модификация присутствует в обеих цепях на одинаковых позициях. Синтез любого белка начинается с метионина, так эта аминокислота в комплексе с т-РНК связывается с P-сайтом рибосомы, давая начало последовательности белка. Поэтому в большинстве белков первая аминокислота - именно метионин. Однако иногда она не требуется для функционирования белка и в результате посттрансляционных изменений удаляется. Это происходит и в белке споруляции, первый аминокислотный остаток обеих цепей - серин. В каждой цепи белка есть 10 β-тяжей и 5 α-спиралей. При чем практически все вторичные структуры встречаются на двух цепях на одинаковых позициях, кроме девятого β-тяжа. На цепи А он расположен с 172 по 177 остатки, а на цепи B c 173 по 178. © Саша Якушева, 2013
|