Занятие 9.

  1. Работа с программой getorf пакета EMBOSS

    2. Создал в своей директории файл с записью D89965 банка EMBL.

    Разобрался c функциями программы getorf.
    Команда:

    - tfm getorf

    Получил набор трансляций всех открытых рамок данной последовательности длиной более 30 нуклеотидов, считая открытой рамкой последовательность триплетов, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном, при использовании бактериального кода.
    Команда:

    - getorf -table 11 -minsize 30 -find 1 -sequence d89965.entret

    Пятая из найденных открытых рамок считывания соответствует приведенной в записи CDS.
    Рамка считывания:

        >D89965_5 [19 - 432] Rattus norvegicus mRNA for RSS, complete cds.
     MVFWLHHVTVTGDDKRCSFIRDCQQCFKFAQHAIGTPVFCQLNGGFDQMALMHFQFTFKQ
     FEQRKSIRSTARKARDDFVVVQTADLFHVAFHYGIAQRGLTITSDDHMAVTAYAYYSCHE
     LTPWLRIQSTNPVQKYGA

    Тринадцатая рамка считывания соответствует записи Swiss-Prot, на которую ссылается данная запись EMBL.
         >D89965_13 [375 - 1] (REVERSE SENSE) Rattus norvegicus mRNA for RSS, complete cds.
     MTTIVSVRRNGHVVIAGDGQATLGNTVMKGNVKKVRRLYNDKVIAGFAGGTADAFTLFEL
     FERKLEMHQGHLVKAAVELAKDWRTDRMLRKLEALLAVADETASLIITGNGDVVQPENDL
     IAIGS


    4.Минимальный анализ результатов


    Для исследования выбрана пара gltU и AE012322.
    Программа megablast этого гомолога не нашла.

    Cведения о записи embl:
    AC AE012322
    DE Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913, section 230 of 460 of the complete genome
    OS Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913
    FT (аннотация в EMBL найденного гомологичного участка) 
    
trna  655..730 	gene	XCC2149 
		product	tRNA-Glu 
		note	Found by tRNAscan

    Выравнивание выбранной пары с помощью needle:

    Участок, гомологичный gltU , находится в файле x_trna.fasta.
    Выравнивание находится в файле gltu.needle 
    
gltU               1 gtccccttcgtctagaggcccaggacaccgccctttcacggcggtaacag     50
                     ||||||.|||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||..||.|
AE012322           1 gtccccatcgtctagaggcctaggacaccaccctttcacggtggacaccg     50

gltU              51 gggttcgaatcccctaggggacgcca     76
                     ||||||||||                
AE012322          51 gggttcgaat----------------     60
    Процент идентичности составил 69.7%, равно как и процент сходства.
    Участок glut c 1 по 60 нуклеотид выравнивается довольно хорошо с небольшими вставками гепов.
    Поэтому можно сказать, что эти участки(с 1-60 нук-д у gltU и 655-714 у AE012322) консервативны и их биологическая роль сходна.


    Главная страница
    ©Голяев Виктор