Задание №7

Занятие №7
Классификация функций. Коды ферментов

Объяснение заданного кода фермента

Заданный код фермента: EC 2.1.2.2
Расшифровка кода:

EC 2: Transferases (трансферазы)
EC 2.1: Transferring one-carbon groups (перенос углеродных групп)
EC 2.1.2: Hydroxymethyl-, Formyl- and Related Transferases (гидроксиметил-, формил- и родственные трансферазы)
EC 2.1.2.2: phosphoribosylglycinamide formyltransferase (фосфорибозилглицинамид формилтрансферазы)

Сравнение последовательностей ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

Использованная база данных: SRS
Составленный запрос в SRS:

([uniprot-EntryName:*_ECOLI*] |  [uniprot-EntryName:*_HUMAN*]) |  [uniprot-EntryName:*_METJA*]) &  [uniprot-ECNumber:2.1.2.2*])

По этому запросу был найден один фермент из Ecoli - PUR3_ECOLI и один из человека - PUR2_HUMAN
У Methanococcus jannaschii фермента с таким кодом не оказалось, поэтому был произведен поиск по его полному геному.
При поиске использовалась база данных KEGG

В итоге, в геноме Methanococcus jannaschii был найден ген purT (Entry - MJ1486), имеющий нужный EC.
По Locus Name MJ1486 был произведен поиск в базе SRS и была получена следующая страница.
Посмотрев на поле EC можно понять из-за чего этот фермент не был найден при первом запросе.
В результате, в каждом из указанных организмов было найдено по одному ферменту:
Ecoli - PUR3_ECOLI; Human - PUR2_HUMAN; Metja - PURT_METJA
Таблица 1. Названия доменов Pfam в найденных последовательностях, ответственных за данную ферментативную активность.

		Фермент 1 (Escherichia ecoli (strain K12), P07651)	Фермент 2 (Human, P22102)	Фермент 3 (Methanococcus jannaschii, Q58881)
	Идентификатор, название домена Pfam	Положение в последовательности	Положение в последовательности	Положение в последовательности
Домен 1	ATP-grasp (PF02222)	-	-	112-294
Домен 2	Formyl_trans_N (PF00551)	1-181	808-988	-
Домен 3	GARS_N (PF02844)	-	3-104	-
Домен 4	GARS_A (PF01071)	-	105-298	-
Домен 5	GARS_C (PF02843)	-	333-426	-

Из таблицы видно, что общих доменов у ферментов из трех организмов нет. Единственный общий домен, присутствующий в ферментах из организмов человека и Escherichia ecoli, - это домен Formyl_trans_N.

Далее для проверки гомологичности ферментов с помощью программы needle были проведены три парных выравнивания.
Результаты:

1. Escherichia ecoli и человек (файл)
2. Methanococcus jannaschii и человек (файл)
3.Escherichia ecoli и Methanococcus jannaschii (файл)

В результате можно сделать вывод о том, что белки, по-видимому, не гомологичны.

Домашняя страница