Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Обязательные упражнения

Поиск нужного термина в словарях GO

• заданное описание локализации: цитоскелет
• выбранный термин GO и его идентификатор: cytoskeleton, GO:0005856
• название онтологии GO и его перевод на русский: cellular component, клеточный компонент
• определение термина (в переводе на русский):


Различные волокнистые элементы, которые формируют внутреннюю структуру клетки и остаются после обработки клеток мягким детергентом, удаляющим мембранные структуры и растворимые компоненты цитоплазмы.Термин включает промежуточные филаменты, микрофиламенты, микротрубочки, микротрабекулярную сеть и другие структуры, характеризующиеся полимерной волокнистой структурой и дальним действием внутри клетки. Различные элементы цитоскелета не только участвуют в
поддержании клеточной формы, но и имеют отношение к другим функциям клетки, включающим клеточное движение, клеточное деление, эндоцитоз и транспорт органелл.

 

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Была получена полная запись банка Swiss-Prot, описывающая последовательность белка человека DUS21_HUMAN.
Полученный файл
Вполе DR были найдены и проанализированы строки, посвящённые терминам GO, ассоциированными с данной записью UniProt.


DR   GO; GO:0005737; C:cytoplasm; IDA:UniProtKB.
DR   GO; GO:0005634; C:nucleus; IDA:UniProtKB.
DR   GO; GO:0004672; F:protein kinase activity; IDA:UniProtKB.
DR   GO; GO:0004725; F:protein tyrosine phosphatase activity; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0008138; F:protein tyrosine/serine/threonine phosphata...; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0006470; P:protein amino acid dephosphorylation; IEA:InterPro.
DR   GO; GO:0007165; P:signal transduction; NAS:UniProtKB.

По этим данным описана функция заданного белка:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	C (cellular compound)	2	Цитоплазма, ядро
Зачем, для чего?	P (Biological process)	2	дефосфориляция амонокислот, сигнал трансдукции
Молекулярный механизм?	F (molecular function)	2	киназная активность, тирозин фосфатазная активность
Специфичность?	F (molecular function)	1	тирозин/серин/треонин фосфатазы

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Задание

Оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков конкретной группы (группа задаётся организмом и локализацией).


Протеом Drosophila melanogaster. Результаты поиска в UniProt, 29.03.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	2904	Organism name - Drosophila melanogaster
С идентификаторами всех трёх онтологий GO	2112	Organism name - Drosophila melanogaster Links:DBxref - P:&F:&C:
В том числе в цитоскелете	27	Organism name - Drosophila melanogaster Links:DBxref - P:&F:&C: Links:DBxref - GO:0005856
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	14	Organism name - Drosophila melanogaster Links:DBxref - Go:&P:&F:&C:&Go:&EXP:|Go:&IDA:|Go:&TAS: Links:DBxref - GO:0005856
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0

Вывод: функции белков заданной группы аннотированы достаточно неплохо.
Об этом свидетельствует то, что больше половины известных белков, распологающихся в цитоскелете Drosophila melangoster, имеют хорошо доказанные функции. Хотя и нет ни одного с абсолютным доказательством выполняемых функций.