Визуализация вторичной и третичной структуры аспартил-тРНК


Ниже приведена таблица, в правой колонке которой изображения, иллюстрирующее один из элементов вторичной структуры аспартил-тРНК; в левой цветами спиралей выделены соответствующие части скрипта и даны примечания.


background white
script 1.def
select all
wireframe off
backbone 130
select helix1
color yellow
select helix2
color orange
select helix3
color red
select not (helix1, helix2, helix3)
color gray
select A976.p, U901.p
cpk 80
label %r%n
pause
select helix1
backbone off
wireframe 30
pause
select helix1
wireframe off
backbone 130
select helix2
backbone off
wireframe 30
pause
select helix2
wireframe off
backbone 130
select helix3
backbone off
wireframe 30

Как видим, действительно, find_pair нашла "правильные остатки": все они участвуют в образовании спиралей, формирующих так называемые "стволы" вторичной структуры тРНК. В пространтве эти последние складываются с образованием Г-образной структуры, ясно видимой на каждом изображении слева Интересно отметить тот факт, что формирование высших структур укладки тРНК напоминает фолдинг (образование пространственой структуры) белка, так как многие основания, входящие в состав одной и той же спирали, зачастую располагаются далеко в последовательности (то же верно для белков).

На последнем рисунке показана увеличенная спираль2 (она имеет сложную структуру, которая при малом увеличении плохо различима); коричневым показан сахарофосфатный остов.




©Ганчарова Ольга