Поиск по PDB и содержание PDB файлов
Occupancy ≠ 1
Occupancy отражает долю молекул в данной конформации. Для
большинства атомов этот коэффициент равен единице, что означает,
что во всех молекулах данный атом находится в данной точке (1).
В этом пункте необходимо было найти pdb файл, в котором
есть атомы с коэффициентом Occupancy, не равным 1. Для этого
в БД
PDBe был
произведен расширенный поиск с параметрами "Experimental method:
x-ray diffraction" и "Resolution ≤ 1". В результате была
выбрана структура
6mu9 бета-лактамазы. Найденные строчки:
ATOM 32 CA AARG A 51 2.392 -17.245 20.521 0.60 8.52 C
ATOM 33 CA BARG A 51 2.375 -17.249 20.536 0.40 8.49 C
содержит описание атома Cα а.о. ARG51. Первые три числа
соответственно x, y, z координаты, а четвертое — коэффициент
occupancy. В 60% молекул атом находится в точке с координатами
из верхней строчки, а в 40% — из нижней.
Missing residues
Подвижные участки белка обычно не расшифровываются в РСА
эксперименте, поэтому их координаты не включаются в pdb-файл
и перечисляются в поле
Missing residues.
Для этого задания был произведен расширенный поиск с параметром
"Resolution ≥ 3". Выбранная структура антигена Pfs48/45 (PDB
ID:
6e64).
Найденные строки:
REMARK 465 MISSING RESIDUES
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)
REMARK 465
REMARK 465 M RES C SSSEQI
REMARK 465 SER H 130
REMARK 465 THR H 131
REMARK 465 SER H 132
REMARK 465 SER H 215
REMARK 465 CYS H 216
REMARK 465 GLU L 210
REMARK 465 CYS L 211
REMARK 465 SER A 130
REMARK 465 THR A 131
REMARK 465 SER A 132
REMARK 465 GLY A 133
REMARK 465 GLY A 134
REMARK 465 SER A 215
REMARK 465 CYS A 216
REMARK 465 GLU B 210
REMARK 465 CYS B 211
Видно, что остатки расположены симметрично в разных цепях,
причем цепь А расшифрована хуже всего.
Wild type vs Crystal
C PDB структурой белка связаны три последовательности: (1)
последовательность природного белка из Uniprot; (2)
последовательность белка, который кристаллизовали (может
отличаться наличием тэгов, быть частью природного белка);
(3) та часть последовательности (2), которую удалось
кристаллизовать. В данном пункте необходимо привести один
пример, в котором (1) и (2) не совпадают. Для этого в БД
RCSB PDB был проведен
расширенный поиск с параметрами "EXPERIMENTAL METHOD: X-ray" и
"SEQUENCE FEATURES: Wild Type protein". Была выбрана структура
5ytb. Найденные
строчки:
REMARK 999 NATURAL MUTATION AT THIS POSITION
DBREF 5YTB A 1 216 UNP P62826 RAN_HUMAN 1 216
DBREF 5YTB B 62 200 UNP P41920 YRB1_YEAST 62 200
DBREF 5YTB C 1 376 UNP P30822 XPO1_YEAST 1 376
DBREF 5YTB C 414 1052 UNP P30822 XPO1_YEAST 414 1052
SEQADV 5YTB ALA A 197 UNP P62826 TYR 197 ENGINEERED MUTATION
SEQADV 5YTB GLY C -1 UNP P30822 EXPRESSION TAG
SEQADV 5YTB ALA C 0 UNP P30822 EXPRESSION TAG
SEQADV 5YTB GLY C 537 UNP P30822 ASP 537 ENGINEERED MUTATION
SEQADV 5YTB CYS C 539 UNP P30822 THR 539 ENGINEERED MUTATION
SEQADV 5YTB GLU C 540 UNP P30822 VAL 540 ENGINEERED MUTATION
SEQADV 5YTB GLN C 541 UNP P30822 LYS 541 ENGINEERED MUTATION
SEQADV 5YTB CYS C 1022 UNP P30822 TYR 1022 SEE SEQUENCE DETAILS
В поле
DBREF указывается кросс-референсы между текущей
последовательностью (прописанной в поле SEQRES) и последовательностями
других БД (2).
Поле
SEQADV показывает отличия последовательности данного
pdb-файла, указанной в поле SEQRES, от последовательности,
описанной в поле DBREF (2). В последней строчке комментарий к мутации слишком длинный,
поэтому он помещается в поле
RECORD 999, которое показано в
первой строчке.
Худший и лучший B-фактор
B-фактор (температурный фактор) отражает движение атома
и пропорционален величине "размазываниея" его электронной
плотности. Значения ниже 10Å говорят о малой подвижности
атома, выше 50Å — о высокой подвижности, т.ч. атом едва
видно (1). Я рассматривала ту же структуру, что и в первом
пункте. Найденные строчки с лучшим и худшим В-фактором
(последнеее число в строчке):
ATOM 424 N VAL A 96 2.031 6.550 -5.134 1.00 2.91 N
ATOM 46 NH1AARG A 51 2.541 -17.997 25.910 0.60 27.67 N
Ссылки
[1]
Guide to Understanding PDB Data // RCSB PDB
[2]
Primary Structure Section // wwPDB
