Совмещение структур

Для работы использовался поиск по сходству структур в PDBeFold для уже родной структуры 2zf5: таблица с находками. Из находок были выбраны структуры для 4 гомологов, для выбора использовался порог по RMSD (от 0,8 до 2,5) и по длине выравнивания (50% от длины белка). Выравнивание было построено только для одной цепи белка глицерол киназы, так как это гомодимер. .fasta файл с множественным выравниванием структур доступен по msa.fasta. Общие характеристики полученного выравнивания: Number of aligned residues = 459, Overall RMSD = 1.091, Number of aligned SSEs = 30O, verall Q-score = 0.3907. На рис. 1 показано само выравнивание, а на рис.2 — совмещение структур.

Таблица 1. Выбранные структуры гомологов

№	Q-score	RMSD	NSSE	Nalgn	Nalgn / Nquery, %	PDB ID
1	0.8841	0.959	34	466	93.8	2dpn:B
2	0.9032	0.990	37	454	91.3	3ezw:D
3	0.8967	0.959	36	466	93,8	4e1j:B
4	0.8801	1.007	36	470	94.6	3h45:X

Рис. 1. Полученное множественное структурное выравнивание


Рис. 2. Совмещение выровненных структур
Далее с помощью JalView было получено изображение структурного выравнивания, показанное на рис. 3, а также было построено выравнивание соответствующих белковых последовательностей алгоритмом Muscle, представленное на рис. 4 (результат в формате фаста: msa_seq.fasta). Из выравнивания последовательностей была вырезана одна из цепей (она не выравнялась).
Рис. 3. Полученное множественное структурное выравнивание Рис. 4. Полученное множественное выравнивание последовательностей
Видно, что в целом оба выравнивания схожи. Отличается только положение в выравниваниях нескольких остатков на границах структур: D91, E175, E229, L230, 281-283...