Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Алгоритмы реконструкции деревьев.

1) Укоренение в среднюю точку.

В пункте 7 предыдущего задания с помощью алгоритма neighbor-joining было построено дерево: NJ.treefile

  +SALTY     
  ! 
  !  +--VIBCH     
  !  ! 
  1--2          +------NEIMA     
  !  !          ! 
  !  +----------4           +-------RHOS4     
  !             !   +-------3 
  !             !   !       +---------BRAJA     
  !             +---5 
  !                 ! +-------BURCA     
  !                 +-6 
  !                   +-----------PSEAE     
  ! 
  +ECOLI

Программой retree пакета PHYLIP его укоренили в среднюю точку:

Укоренение произошло в ветвь {SALTY, ECOLI, VIBCH, PSEAE, NEIMA, BURCA} против {RHOS4, BRAJA}.
В этой же ветви располагался корень в дереве, построенном алгоритмом UPGMA.

2) Использование аутгруппы.

В качестве аутгруппы была выбрана сенная палочка (Bacillus subtilis)

На рисунке аутгруппа не показана.
Укоренение произошло в ветвь {NEIMA} против {SALTY, ECOLI, VIBCH, PSEAE, RHOS4, BRAJA, BURCA}

3) Бутстрэп.

Результат выполнения программы fconsense: bt.fconsense.

                              +------ECOLI
                       +100.0-|
                +-99.0-|      +------SALTY
                |      |
         +-58.5-|      +-------------VIBCH
         |      |
         |      |             +------RHOS4
  +------|      +-------100.0-|
  |      |                    +------BRAJA
  |      |
  |      |                    +------BURCA
  |      +--------------100.0-|
  |                           +------NEIMA
  |
  +----------------------------------PSEAE

Топологии консенсусного дерева и дерева, построенного программой fprotpars по исходному выравниванию полностью совпадают.
Ветви не получившие большинства и их поддержка:
1) {SALTY, ECOLI, VIBCH, NEIMA, BURCA} против {PSEAE, RHOS4, BRAJA} - 21%
2) {SALTY, ECOLI, VIBCH, PSEAE} против {NEIMA, BURCA, RHOS4, BRAJA} - 20,5% - эта ветвь есть в "правильном" дереве.
3) {SALTY, ECOLI, RHOS4, BRAJA} против {VIBCH, PSEAE, NEIMA, BURCA} - 1%