Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Анализ деревьев, содержащих паралоги. Особенности работы с нуклеотидными последовательностями.

1) Построение дерева по нуклеотидным последовательностям.

В файле 16S.fasta содержатся последовательности рРНК малой субъединицы рибосомы из организмов выбраных в первом задании. Программой muscle по ним построено выравнивание. Далее программой ffitch было построено дерево (предварительно по выравниванию была получена матрица расстояний с помощью программы fdnadist):

  +---RHOS4     
  ! 
  !           +SALTY     
  !        +--6 
  !      +-5  +ECOLI     
  !      ! ! 
  !    +-4 +--VIBCH     
  !    ! ! 
  1----3 +---PSEAE     
  !    ! 
  !    !  +--NEIMA     
  !    +--2 
  !       +--BURCA     
  ! 
  +---BRAJA

В отличие от деревьев построенных по белкам (см. задание 1) полученное дерево полностью совпадает с правильным.
Таким образом реконструкция деревьев по ДНК точнее, чем по белкам.

2) Построение и анализ дерева, содержащего паралоги.

В файле proteo.fasta были найдены все гомологи белка FTSH_ECOLI с eValue < 0,0001. Последовательности соответствующие отобраным ранее бактериям были помещены в файл homologs.fasta. Далее было построено выравнивание, и по нему с помощью программы fprotpars - дерево:

                                                  +--HSLU_BRAJA
                                      +----------17  
                                      !           +--HSLU_RHOS4
                                      !  
                                   +-16           +--HSLU_SALTY
                                   !  !        +-15  
                                   !  !     +-14  +--HSLU_ECOLI
                                   !  !     !  !  
        +-------------------------12  +----13  +-----HSLU_VIBCH
        !                          !        !  
        !                          !        +--------HSLU_PSEAE
        !                          !  
        !                          +-----------------Q89KG3_BRA
        !  
        !                       +--------------------A1IR46_NEI
        !                       !  
     +-11                       !                 +--Q3J045_RHO
     !  !                       !     +----------10  
     !  !                       !     !           +--Q9XBG5_BRA
     !  !                    +--4     !  
     !  !                    !  !  +--9           +--FTSH_SALTY
     !  !                    !  !  !  !        +--8  
     !  !                    !  !  !  !     +--7  +--FTSH_ECOLI
     !  !                    !  !  !  !     !  !  
  +--2  +--------------------3  +--5  +-----6  +-----Q9KU86_VIB
  !  !                       !     !        !  
  !  !                       !     !        +--------Q9HV48_PSE
  !  !                       !     !  
  !  !                       !     +-----------------Q1BXC9_BUR
  1  !                       !  
  !  !                       +-----------------------Q1BNJ2_BUR
  !  !  
  !  +-----------------------------------------------Q89BR3_BRA
  !  
  +--------------------------------------------------Q9I5R4_PSE

Два гомологичных белка будем называть ортологами, если они а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования.

Ортологи:

FTSH_ECOLI и FTSH_SALTY

HSLU_BRAJA и HSLU_RHOS4

Q3J045_RHOS4 и Q9XBG5_BRAJA

Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами.

Паралоги:

Q1BXC9_BURCA и Q1BNJ2_BURCA

Q89KG3_BRAJA и Q89BR3_BRAJA

Q9HV48_PSEAE и Q9I5R4_PSEAE

FTSH_ECOLI и HSLU_ECOLI