Полезные ссылки
Паттерны и профили.
I. Создание паттернов аминокислотных последовательностей.
В предыдущей работе было получено множественное выравнивание белка RISA_ECOLI и восьми его гомологов.Создадим несколько паттернов для выделенного фрагмента выравнивания:
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | S-F-D-L-M-K-E-T-L-R-I-T-N-L-G-D-L-K-V-G | 2 | нет |
| Сильный | [TFCS]-[AFV]-D-[VIL]-[MSTV]-[LPASEKQ]-E-T-[LVMY]-[KNAR]-[RACSI]-[TS]-[ANST]-[FLI]-[HGNK]- [SKEGNTD]-[VILY]-[RKSTI]-[ITPSKV]-[GN] | 12 | да |
| Слабый | D-[VIL]-X(2)-E-T-X(3)-[TS]-X-[VILFY]-X(2)-[VILFY] | 103 | да |
По слабому паттерну нашлось множество белков, выполняющих самые разные функции, значит данный фрагмент не выполняет какой-либо специфичной функции.
II. Все описанные в PROSITE мотивы в белке RISA_ECOLI.
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS51177 | LUMAZINE_BIND | лумазин-связывающий домен | профиль | ссылка на описание профиля. | специфична | 2 |
| PS00008 | MYRISTYL | Сайт N-миристоилирования | паттерн | G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} | неспецифична | 7 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | сайт фосфорилирования протеин киназы C | паттерн | [ST] - x - [RK] | неспецифична | 2 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | сайт фосфорилирования казеин киназы II | паттерн | [ST] - x(2) - [DE] | неспецифична | 4 |
| PS00009 | AMIDATION | сайт амидирования | паттерн | x - G - [RK] - [RK] | неспецифична | 1 |