Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Кристаллографическая симметрия.

Дана запись 1MNM.pdb.

1. В поле COMPND найдена следующая информация о биополимерах, присутствующих в записи:

Две комплементарные цепочки ДНК - E и F.
Молекула белка - регулятора транскрипции MCM1 - цепи A и B.
Молекула белка - репрессора транскрипции MAT ALPHA-2 - цепи C и D.

2. Изучение водородных связей цепи D в пределах ассиметрической единицы.

Углероды цепи D выделены зеленым, цепи А - желтым, цепи F (ДНК) - голубым, цепи E (ДНК) - фиолетовым. Атомы, образующие водородные связи отмечены сферами. Таким образом, цепь D связана водородными связями с цепью A белка и с двумя цепочками ДНК - E и F.

3. Теперь изучим связи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы.

а) связь цепи D с ДНК, содержащейся в той же ассиметрической единице, и восстанавливаемой по симметрии кристалла:

Зеленым выделена цепь D, желтым ДНК, содержащейся в той же ассиметрической единице, синим - в единице, восстанавливаемой по симметрии кристалла

б) связь цепи D с белками из других образов ассиметрической единицы:

Зеленым выделена цепь D, красным - цепь А из той же ассиметрической единицы, желтым - цепи А восстановленых по симметрии кристалла единиц.

Получается, что в кристалле каждая цепь D взаимодействует с 4 цепями ДНК и с 3 цепями белка, причем с одной из цепей А ( не в ассиметрической единице ) она образует параллельный бета-слой.