Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика |
---|
Полезные ссылки |
Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO.1. Для записи 1PKV построена карта Рамачандрана:В запрещенных областях таких остатков нет. Таким образом, качество структуры, согласно карте Рамачандрана можно считать хорошим. 2. На сайте EDS нет данных по структуре 1PKV, поэтому далее работа будет идти с записью 1T9H В ней 55 остатков имеют большой Z-score по RSR.
Можно видеть, что данный остаток почти не попадает внутрь электронной плотности, о чем кстати можно было догадаться, просто глядя на приведенные выше значения. Таким образом пространственное расположение данного остатка очень сомнительно. 3. Re-refinement структуры 1T9H. На странице http://www.cmbi.ru.nl/pdb_redo/t9/1t9h/index.html можно посмотреть результаты работы так называемого повторного улучшения качества структуры. R-values:
WHAT_CHECK validation:
1 - Чем больше, тем лучше 2 - Должен быть меньше 1.000 3 - Чем меньше, тем лучше Можно видеть, что все показатели качества структуры (за исключением "Unsatisfied H-bond donors/acceptors") значительно ухудшились у полностью оптимизированной структуры по сравнению с исходной. |