Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика |
---|
Полезные ссылки |
Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены.1.Для записи 1zay_1.pdb в PyMOL были созданы следующие изображения:а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера; б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт; в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали. Страница с результатами для биологической единицы записи 1ZAY. Площадь контакта мономеров белка 2570.85 кв. ангстрем, из которых 44.32% приходится на гидрофобное взаимодействие. 3. Гидрофобные кластеры можно определить с помощью сервиса CluD. Выдача программы. На данном изображении разными цветами выделены кластеры объемом более 10 атомов: 1) Для каждой из двух цепей из записи 1PKV картина была тривиальной, поэтому было решено выбрать запись 1I8D. Для цепи А были получены следующие результаты:
Почти все методы определили 2 домена в данной цепи белка. Ниже представлено изображение цепи A записи 1I8D с окраской по данным метода PUU . 2) Для цепи А записи 1ZAY были получены следующие результаты:
изображение цепи A записи 1ZAY с окраской по данным метода PUU: |