Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены.

1.Для записи 1zay_1.pdb в PyMOL были созданы следующие изображения:

а) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера;

б) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт;

в) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

2. Cервис PROTORP.
Страница с результатами для биологической единицы записи 1ZAY.
Площадь контакта мономеров белка 2570.85 кв. ангстрем, из которых 44.32% приходится на гидрофобное взаимодействие.

3. Гидрофобные кластеры можно определить с помощью сервиса CluD.
Выдача программы.
На данном изображении разными цветами выделены кластеры объемом более 10 атомов:

4. Определение доменной структуры с помощью сервиса pDomains.
1) Для каждой из двух цепей из записи 1PKV картина была тривиальной, поэтому было решено выбрать запись 1I8D.
Для цепи А были получены следующие результаты:

Method	Domain Id	Fragment
CATH	1I8DA1	1-89
	1I8DA2	102-206

SCOP	1I8DA1	1-93
	1I8DA2	94-206

pdp	1I8DA1	1-103
	1I8DA2	104-193

DHcL	1I8DA1	1-96
	1I8DA2	97-206

dp	1I8DA1	1-104
	1I8DA2	105-206

DDomain	1I8DA1	1-104
	1I8DA2	105-206

NCBI	1I8DA1	1-6 , 92-213
	1I8DA2	7-91

PUU	1I8DA1	1-104
	1I8DA2	105-184

Dodis	1I8DA1	1-206

Почти все методы определили 2 домена в данной цепи белка.
Ниже представлено изображение цепи A записи 1I8D с окраской по данным метода PUU .

Можно видеть, что данные два домена имеют очень похожую трехмерную структуру. Скорее всего концевую альфа-спираль нельзя считать частью домена, однако почти все методы включили ее в домен (за исключением PUU).

2) Для цепи А записи 1ZAY были получены следующие результаты:

Method	Domain Id	Fragment
CATH	1ZAYA1	2-58
	1ZAYA2	59-160 , 291-322
	1ZAYA3	161-290 , 323-339

SCOP	1ZAYA1	2-57
	1ZAYA2	58-339

pdp	1ZAYA1	2-47
	1ZAYA2	48-141
	1ZAYA3	142-339

DHcL	1ZAYA1	2-116
	1ZAYA2	117-339

dp	1ZAYA1	2-57
	1ZAYA2	58-154
	1ZAYA3	155-339

DDomain	1ZAYA1	2-339

NCBI	1ZAYA1	1-45
	1ZAYA2	58-160 , 293-340
	1ZAYA3	161-292

PUU	1ZAYA1	1-45
	1ZAYA2	57-157 , 293-318
	1ZAYA3	158-292 , 319-338

изображение цепи A записи 1ZAY с окраской по данным метода PUU:

Красным отмечен домен 1ZAYA1, желтым - 1ZAYA2, голубым - 1ZAYA3, зеленым - структуры, не являющиеся доменами.