Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Пространственное выравнивание и совмещение.

1. Даны записи 1HY0.pdb и 1I0A.pdb. Для цепей А с помощью сервиса pDomains была определена их доменная организация:
домен №1: 27-123 , 195-234
домен №2: 124-194 , 235-364 , 437-463
домен №3: 365-436

Совмещение цепей А по первому домену. RMSD = 0.386.

Совмещение цепей А по второму домену. RMSD = 0.412.

Совмещение цепей А по третьему домену. RMSD = 0.477.

Можно видеть, что все домены очень хорошо совмещаются, при этом структура в целом совмещается гораздо хуже (особенно при выравнивании по 3 домену) Этот факт демонстрирует нам большую консервативность структур доменов, но не их взаиморасположения.

2. Построение структурного выравнивания цепей А записей 1AKH.pdb и 1W0T.pdb c помощью программы PDBeFOLD.

Подправленный файл с выравниванием был подан на вход программе Geometrical core, которая нашла геометрическое ядро с порогом 2 ангстрема:

Pos.	1AKH_A	1W0T_A
11	ALA83	LYS389
12	PHE84	ASN390
13	LEU85	LEU391
15	GLU87	SER393
28	LYS100	TRP403
29	GLU101	SER404
30	GLU102	LYS405
31	VAL103	ILE406
41	THR110	THR416
42	PRO111	SER417
43	LEU112	VAL418
44	GLN113	MET419
45	VAL114	LEU420
46	ARG115	LYS421
47	VAL116	ASP422
48	TRP117	ARG423
49	PHE118	TRP424
50	ILE119	ARG425
51	ASN120	THR426
52	LYS121	MET427
53	ARG122	LYS428
54	MET123	LYS429
55	ARG124	LEU430

Командой pair_fit совместим в PyMOL структуры по CA-атомам, входящим в геометрическое ядро. RMSD = 0.865.

Теперь попробуем выровнять структуры командой align на полных цепях. RMSD = 3.088.

Видим, что данное структурное выравнивание не несет в себе какой-либо полезной информации. Причина этого судя по всему в значительных различиях последовательностей данных структур (align сначала производит выравнивание последовательностей).