Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Пробные выравнивания.

Обязательные задания.

1. Определение положения фрагмента >seq1 MSGHIMTTAEVAKILTSENNR в последовательности белка RISA_ECOLI.

Заданный фрагмент соответствует позициям 99-119 в полной последовательности белка RISA_ECOLI:

2. Выравнивание последовательностей seq1 и seq2 вручную.

>seq1
MSGHIMTTAEVAKILTSENNR
>seq2
GHLLSGHVFGTAEIFLIKENR

Исходные длины последовательностей - по 21 аминокислотных остатка.
Длина выравнивания - 24.
Вес выравнивания W = M – nG (где M — число совпавших букв, G — штраф за пропуск, равен 2, n — общее число пропусков)
W = 9 - 1*2 = 7.
Процент идентичности последовательностей: 9/24 = 37,5%

3. "Близкородственная" замена а.о..

На 4-ой позиции от N-конца имеет место замена метионина (M) на лейцин (L), которая считается "близкородственной", так как вес этой замены в соответствии с матрицей BLOSUM62 равен 2.
И действительно, метионин и лейцин весьма похожи по своим свойствам: оба гидрофобные, незаряженные, неполярные а также имеют примерно одинаковые размеры и молекулярную массу.

Дополнительные задания.

1.Определить процент сходства выровненных фрагментов.

В соответствии с матрицей BLOSUM62 в данном выравнивании положительным весом обладают следующие замены:
M - L, I - V, V - I, E - K. Тогда процент сходства равен: 13/24 = 54%.

2. Второй вариант выравнивания.

Вес данного выравнивания равен 9 - 1*2 = 7, процент идентичности равен 9/24 = 37,5% - как и в первом выравнивании. Но это выравнивание чуть хуже,так как содержит на одну близкородственную замену меньше, и поэтому процент сходства равен 12/24 = 50%, меньше, чем в первом случае.