Из базы данных SwissProt сначала было выбрано по 5 гомологичных белков из протеома штамма K12 кишечной палочки и из протеома штамма 168 сенной палочки. Для каждой пары были проведены глобальное и локальное выравнивания. Затем тоже самое было проделано для негомологичных белков тех же организмов. Результаты выравнивания представлены в таблице 1 (Table 1).
Судя по полученным данным о гомологичности белков можно говорить, если в глобальном выравнивании процент идентичности(identity) больше 35, а схожести(simularity) больше 50. В локальном выравнивании эти значения ожидаемо выше, поскольку оно использует части последовательностей, на которых прогнозируется максимальная гомология.
1) На участке 30-40 в needle выравнивании присутствуют участки L-L, E-E и P-P за счёт наличия гэпов, отсутствующих во множественном выравнивании.
2) Во множественном выравнивании на 270 позиции находится P-P участок, отсутствующий в needle.
3) Во множественном выравнивании на 319 позиции находится G-G участок, отсутствующий в needle.
