Мне была выдана структура тРНК с PDB ID: 1ml5. Первой задачей было найти инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях с помощью программы einverted из пакета EMBOSS.
Изображение, полученное при помощи алгоритма Зукера
Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1ml5.pdb
| Участок структуры | Позиции в структуре (find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель |
5'-2-7-3' 5'-66-71-3' Всего 6 пар |
0 пар из 6 | 7 пар из 6 |
| D-стебель | 5'-10-13-3' 5'-22-25-3' Всего 4 пары |
0 пар из 4 | 3 пары из 4 |
| T-стебель | 5'-49-53-3' 5'-61-65-3' Всего 5 пар |
4 пары из 5 | 4 пары из 5 |
| Антикодоновый стебель | 5'-40-43-3' 5'-27-30-3' Всего 4 пары |
0 пар из 4 | 3 пары из 4 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 18 | 4 | 17 |
Можно сделать вывод, что предсказание по алгоритму Зукера является довольно эффективным, хотя есть некоторые неточности. Программа einverted нашла только T-стебель даже при минимальном minimum score threshold.
Упражнение 1: скрипт с определениями этих множеств и скрипт для изображения структуры
Упражнение 2:
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 12 | 70 | 82 |
| остатками фосфорной кислоты | 21 | 27 | 48 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 16 | 16 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 9 | 10 | 19 |
Упражнение 3 и 4:
Была использована программа пакета EMBOSS nucplot. Днк-белковые контакты здесь представлены на примере комплекса ДНК с доменом эндонуклеазы I-TEVI (PDB ID 1i3j).
Полученный pdf файл с контактами
Больше всего контаков у Asn175:
2 с сахаром седьмого нуклеотида(G)
2 с сахаром восьмого нуклеотида(G)
Наиболее важным остатком я выбрала His182, тк он образует водородную связь непосредственно с азотистым основанием.
