Salvator merianae (аргентинский чёрно-белый тегу) – разновиднось ящериц, крупнейший из вида тегу. Всеядный, обитает в тропических дождевых лесах, саваннах и полупустынях восточной и центральной части Южной Америки. Тегу обладают высоким интеллектом, а также впадают в спячку осенью при падении температуры.
| Количество сборок | 1 |
| Название лучше сборки | HLtupMer6 |
| AC сборки | GCA_003586115.2 |
| Уровень сборки | Scaffold |
| Общая длина последовательности | 2,068,170,046 |
| Число контигов | 18,331 |
| Contig N50 | 500,019 |
| Contig L50 | 1,096 |
| Число скэффолдов | 4,512 |
| Scaffold N50 | 55,382,274 |
| Scaffold L50 | 12 |
| Число аннотированных белков | 0 |
Если мы переходим по WGS, то натыкаемся на контиги, которые скаффолды. Вот, например, пятнадцатый.
Был выполнен поиск в NCBI Nucleotide: Inoviridae[Organism] AND 5000:6000[Sequence Length] AND complete
Всего находок 45: 39 из GenBank и 6 из RefSeq.
| AC записи | MH649151 |
| Латинское название и TaxID | Inoviridae sp. isolate ctcb147; 2219103 |
| Тип генома | Кольцевая днк |
| Хозяин | Бактерия |
Для получения файла с участками генома, предположительно кодирующими белки нужно нажать Send to:, затем выбрать Coding Sequences и FASTA Nucleotide.
| gene | Участок, который был определён как конкретный ген | complement(7651..7723) /gene=“trnH” |
|
| centromere | Область, которая была определена как центромера | 114385..114394 /note="CEN3_CDEI of CEN3" |
|
| intron | Сегмент днк, который транскрибируется, но удаляется из транскрипта, соединяя последовательности (экзоны) по обе стороны от него | 568..788 /gene="ubc42" /number=1 | |
| tRNA | Участок, кодирующий тРНК | 4954..5021 /product=“tRNA-Trp” |
|
| sig_peptid | Участок, кодирующий сигнальный пептид | 1..54 /gene="TCR1A" |
|
| V_region | Варьирующаяся область легких и тяжелых цепей иммуноглобулина, а также альфа-, бета- и гамма-цепей рецептора Т-клеток | 1..277 /gene="VFM1" /product="immunoglobulin heavy chain variable region" |
|
| regulatory | Любой регион, участвующий в регуляции транскрипции, трансляции, репликации или формировании структуры хроматина | 1..9 /gene="ubc42" /regulatory_class="promoter" |