Задание 1
В таблице я взяла совй ID39.В файле быо 21 последовательность.В анализе обогащения
участвовали все ID. Одному из них соотвествовало несколько объектов:
"Multiple mapping information: 1".
Когда я получила выдачу, там присутствовало 69 объектов, а сотальные GO terms
не прошли порог p_value = 0.05.
На картинке представлены 10 самых значимых GO terms.
Снизу представлен граф, полученный из пяти выбранныз GO terms.На графе из 8
возможных связей представлена только
соотношение "is a".
4 из пяти GO terms относятся к химическим реакциям и путям, которые
включают тетрапирролы, природные пигменты, содержащие
четыре пиррольных кольца, соединенных одноуглеродными единицами,
связывающими положение
2 одного пиррольного кольца с положением 5 следующего.
2 из 5 GO tems относятся к химическим реакциям и путям,
связанным с пигментом,
любым общим или частным красящим веществом в живых организмах,
например меланином.И это только метаболические процессы.
Задание 2
Граф, 3D структура извесьна для 19 из 21 белков.
На графе присутствуют все типы связей: from curated databases,
experimentally determined,gene neighborhood,gene fusions,gene co-occurrence,
textmining,co-expression,protein homology. Всего одна связь gene fusions.
Gene Cooccurrence
Наиболее ярко выражен на выдаче белок ALAD. Наиболее редкие: CP и CYBRD1.
В таксоне Opisthokonta ID наиболее консервативны(наиболее темные).
Gene Coexpression
Вверху представлена совместная экспрессия ID из списка.
У человека нет ни одной пары генов с высоким уровнем достоверности их функциональной связи.
У других организмов есть порядка 3х пар с большей достоверностью, самая вероятная:
UROD И CPOX.