Занятие 7. A- и B-формы ДНК

 
     
  1. С помощью программы fiber пакета 3DNA были созданы A- и B-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого — 4 раза повторенная последовательность "gatc". Структура дуплекса в А-форме и В-форме сохранены в gatc-a.pdb и gatc-b.pdb соответственно.
     
  2. Таблица характеристик структур
     A-формаB-формаФайл dna21.pdb
    Тип спирали (правая или левая) праваяправаяправая
    Шаг спирали (Å) 28.02833.74830.225
    Число оснований на виток 121111
    Ширина большой бороздки 9.627(T23B.P)20.584(A6A.P)11.105(C15A.P)
    Ширина малой бороздки 18.493(T23B.P)13.195(A6A.P)19.951(C15A.P)

     
  3. Данная структура DNA21 является вырезанным участком РНК, так как у рибозы кислород есть и в 3-ом, и во 2-ом положении, а спираль двуцепочная.

    А8 в цепи A образует выпетливание. В районе G7 A8 и G9 происходит раздвоение цепи B, вероятно, конформация структуры в этом месте не была определена точно и в pdb файле были даны 2 варианта. А8 в цепи В тоже образует выпетливание. Характеристики и конформация структуры довольно схожи с А-формой ДНК(программа analyze говорит, что А).

  4. У форм А- и В- углы alpha, epsilon, zeta и chi отрицательные, beta gamma delta - положительные. DNA21 имеет отрицательные углы и среди beta. Углы alpha betа gamma epsilon chi у А-формы гораздо больше по значению, чем у В-формы, а delta zeta меньше. Значения углов alpha gamma epsilon chi у DNA21 больше, чем у А- и В-форм, угол beta имеет значения близкие к А-форме, но то положительные, то отрицательные. угол delta больше, чем у А-, но меньше, чем у В-формы. Zeta меньше, чем и у А-, и у В-формы.

    Программа analyze выдала ширину малой бороздки для А-формы идентично моим измерениям, но ширина большой бороздки, а также малой и большой бороздки у всех остальных структур сильно отличаются.


     

  5. К сожалению из структуры dna21 не получилось стопочной модели с видом сверху, так как программа rotate_mol не поворачивает молекулу как нужно. Даже molsript MY.SCR не поворачивает ее так, как нужно rotate_mol -c MY.SCR dna21.pdb dna21r.pdb).



вернуться к 3 семестру