Занятие 3. Филогенетические деревья

  
     

 

  1. Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа

    Был проведен бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям исходного дерева.
    Этапы работы:

    1. fseqboot ali.fasta -auto # создает 100 бутстреп-реплик выравнивания

    2. fdnaml ali.fseqboot -auto # создает ali.treefile, в котором 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний

    3. fconsense ali.treefile -auto # создает файл, в который будут помещены результаты бутстреп-анализа.

    Здесь лежит выходной файл в текстовом формате. А здесь лежит множественное выравнивание всех листьев исходного дерева.

    Полученное консенсусное дерево по топологии совпадает с исходным:

      +---------------------------C
  |
  |             +-------------F
  |      +100.0-|
  |      |      |      +------E
  |      |      +-92.0-|
  +------|             +------D
         |
         |             +------A
         +--------96.0-|
                       +------B
    В этом можно также убедиться с помощью таблиц разбиений по листьям:
    Исходное: 
     A  B  C  D  E  F
 .  .  *  *  *  *
 .  .  .  *  *  *
 .  .  .  *  *  .
    Консенсусное: 
     C  F  D  E  B  A
 .  *  *  *  .  .
 .  .  .  .  *  *
 .  .  *  *  .  .

    Процент достоверности ветвей 100, 92 и 96. Это значительно превышает порог достоверност в 70 процентов, что дает право утверждать - дерево правильное.

    Бутстреп-анализ хорошо справился с задачей оценки достоверности филогенетического дерева.

  2. Изображение филогенетического дерева в графическом формате

    С помощью программы fdrawtree было нарисовано исходное дерево (((А:90,B:90):5,C:70):30,((D:90,E:90):4,F:80):20);

    Построенное дерево безкорневое, но длина каждой ветки точно рассчитана исходя из скобочной формулы. Не понятно, куда пропал потомок А, скорей всего он скрывается под неподписанной ветвью.




    вернуться к 3 семестру