Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

Полное множественное выравнивание этих же белков, полученное с помощью программы ClustalW.

Q9V1I0_PYRAB .......... .......... .......... .......... ..........

P72864_SYNY3 MIVVMKVGTP EIEIERIGKE FAERGLTPEK IVGKHKVVMG LVGETAGLDP

Q9Z867_CHLPN .......... .......... .......... .......... ..........

  AROF_ECOLI .......... .......... .......MQK DALNNVHITD EQVLMTPEQL

    KDSA_PEA .......... .......... .......... .......... ..........

 

Q9V1I0_PYRAB .......... .......... .....MRMMK YSKEYKDKTI IKVGDVKIGE

P72864_SYNY3 LQIQEVSPWI EDVLRVEQPF KRASLTFRHG EYSEVIVSTP AGPVAIGKNH

Q9Z867_CHLPN .......... ..MHEVLILT FTYPLPRTLK QHPDEVHTVP ISPNLSFGEG

  AROF_ECOLI KAAFPLSLQQ EAQIADSRKS ISDIIAGRDP RLLVVCGPCS IHDPETALEY

    KDSA_PEA .......... .......... .........M DPSVLLYNQL KAADPFFLLA

 

Q9V1I0_PYRAB GFTIMAGPCA IESEDQIMKT AEFLAELGIK ILRGGAFKPR TSPYSFQG.Y

P72864_SYNY3 PVAVVAGPCS VENETMIVET ARRVKAAGAQ FLRGGAFKPR TSPYAFQG.H

Q9Z867_CHLPN SPILIAGPCT LESYEHTVSS ALTVKEAGAQ VFRGSIRKPR TSPFSFQG.W

  AROF_ECOLI ARRFKALAAE VSDSLYLVMR VYFEKPRTTV GWKGLINDPH MDGSFDVE.A

    KDSA_PEA GPNVIESEEH IMRMAKHIKT ISSKFGIPLI FKSSFDKANR TSSKSFRGPG

 

Q9V1I0_PYRAB GEKALKWMRK AADEYGLVTV TEVMDTRHVE LVSKYADILQ IGARNSQNFE

P72864_SYNY3 GESALGLLAA AKEATGLGII TEVMDAADLE IIAEVADVIQ VGARNMQNFS

Q9Z867_CHLPN EKECVLWHKE AQSIHGLPTE TEVLDVRDVE ITAEHVDILR IGAKNMHNTP

  AROF_ECOLI GLQIARKLLL ELVNMGLPLA TEALDPNSPQ YLGDLFSWSA IGARTTESQT

    KDSA_PEA IVEGLKILEK VKIAYDIPIV TDVHEASQCE PVGRVADIIQ IPAFLCRQTD

 

Q9V1I0_PYRAB LLKEVGRQEK PVLLKRGMGN TIQELLYSAE YIMSQGN..E NVILCERGIR

P72864_SYNY3 MLKKVGAQDK PVLLKRGMAA TIDEWLMAAE YILAAGN..P NVILCERGIR

Q9Z867_CHLPN LLQEVSKSHR PIILKRSPAA TLEEWLCAAE YILASSPSCP GVILCERGIR

  AROF_ECOLI HREMASGLSM PVGFKNGTDG SLATAINAMR AAAQPHRFVG INQAGQVALL

    KDSA_PEA LLVAAAKTGK IINIKKGQFC APSVMANSAE KVRLAGN..P NVMVCERGTM

 

Q9V1I0_PYRAB TFETS.TRFT LDISAVPVVK ELSHLPIVVD PSHPAGR... .........R

P72864_SYNY3 TFDGHYTRNC LDLSVLPVLR SLTHLPIMID PSHGTGK... .........S

Q9Z867_CHLPN TFEHS.TRYT LDLNTVALLK EISSLPVIVD PSHAAGK... .........R

  AROF_ECOLI QTQGNPDGHV ILRGGKAPNY SPADVAQCEK EMEQAGL... .........R

    KDSA_PEA FGYNDLIVDP RNLEWMREAN CPVVADITHS LQQPAGKKLD GGGVASGGLR

 

Q9V1I0_PYRAB SLVIPLAKAA YAVGADGVLV EVHPDPENAL SDSKQQLTFE DFKILLDELR

P72864_SYNY3 EYVPSMAMAA IAAGTDSLMI EVHPNPAKAM SDGPQSLTPD RFDETMKQLA

Q9Z867_CHLPN SLVLPLASAG LSVGADGLMI EVHAHPEKAL CDAKQQITPE ELHLFAKKHF

  AROF_ECOLI PSLMVDCSHG NSNKDYRRQP AVAESVVAQI KDGNRSIIGL MIESNIHEGN

    KDSA_PEA ELIPCIARTS VAVGVDGIFM EVHDDPLNAP VDGPTQWPLR HLEELLEELI

 

Q9V1I0_PYRAB KLGWRG.... .......... .......... .......... ..........

P72864_SYNY3 VIGQTVGRWP KVAALA.... .......... .......... ..........

Q9Z867_CHLPN CPSESRAHAI S......... .......... .......... ......AYGK

  AROF_ECOLI QSSEQPRSEM KYGVSVTDAC ISWEMTDALL REIHQDLNGQ LTARVA....

    KDSA_PEA AISRVSKGKK PFNIDLTPFR E......... .......... ..........

 

Q9V1I0_PYRAB .......... .......... .......... ..

P72864_SYNY3 .......... .......... .......... ..

Q9Z867_CHLPN SITDACIGWE DTDALLRQLA NAVKARRG.. ..

  AROF_ECOLI .......... .......... .......... ..

    KDSA_PEA .......... .......... .......... ..

По этим двум фрагментам выравниваний видно, что выравнивания совершенно разные. Если рассматривать колонки, в которых совпадают все аминокислотные остатки, то в этих выравниваниях нет ни одной совпадающей колонки, максимум строчек, в которых совпадают всего лишь две колонки, - три. Если смотреть на колонки, в которых не все аминокислотные остатки совпадают, то можно увидеть большое количество таких колонок в первых трех строчках. С помощью программы невозможно сделать хорошее выравнивание, не разбивая последовательности на домены.

При рассмотрении этих двух частей одного и того же выравнивания, видно, что эталонное выравнивание гораздо более выгодно.