Главная страница второго семестра
В задании требовалось с помощью программы BLASTP найти белок aroG_Ecoli по его последовательности в банках SwissProt и PDB.
При поиске в банке SwissProt
При поиске в банке PDB
С помощью программы BLASTP по последовательности белка можно определить его доменную структуру.
Нужно было в банке SwissProt программой BLASTP, используя последовательность гомологичного белка Q9KU34_VIBCH.
При поиске я нашла свой белок. В результате
Белок, последовательность которого была подана на вход найден не был, потому что его последовательность находится в банке UniProt, а я искала белки в банке SwissProt, возможно, если поискать в банке UniProt, то он найдется:).
Из полученных результатов можно сделать вывод, что с помощью данной программы можно найти гомологи известного белка и его попарные выравнивания с ними.
В банке SwissProt программой BLASTP нужно было провести поиск, подав на вход искусственную последовательность, создранную ранее.
Результат 1:
Результат 2:
Вывод: Программа BLASTP производит попарное выравнивание гомологов таким же образом, как программа Matcher, сравнивая части последовательностей и выдавая два лучших результата.