Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU с помощью программы PSI-BLAST.

Сначала был проведен поиск гомологов с помощью программы blastp.

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	% идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	1e-70	LGB2_LUPLU	86	153
В бактериях (Bacteria)	36	1e-06	HMP_RHIME	26	137
В Escherichia coli K-12	0
В животных (Metazoa)	26	2e-06	NGB_BRARE	25	141
В человеке	3	CRNL1_HUMAN	Value 5.8	28	78

В результате поиска с помощью программы blastp удалось найти голомогов среди белков человека, но не удалось это сделать среди белков кишечной палочки. А при поиске гомологов с помощью PSI-BLAST гомологи можно найти для всех таксонов, что видно в таблице.

Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
					Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
1	21	+	5						CRNL1_HUMAN	5.8	28%	78
2	38	+	332	+	HMP_ECOLI	1e-29	20%	148	NGB_HUMAN	2e-19	21%	143
3	38	-	879	+	HMP_ECOLI	6e-28	20%	148	HBG2_HUMAN	8e-45	18%	150
4			884	+	HMP_ECOLI	2e-22	20%	143	HBE_HUMAN	5e-154	17%	154
5			884	-					HBE_HUMAN

• Судя по данным таблиц, можно сделать вывод, что при первой итерации PSI-BLAST находит те же гомологи, что и blastp.
• В результате поиска в программе PSI-BLAST удалось найти последовательности, возможно гомологичные последовательности белка, по которому производился поиск, причем с каждой итерацией программа находит более отдаленные последовательности.
• При второй итерации был найден белок из организма кишечной палочки, с двумя следующими итерациями лучшая находка не изменялась, также как и процент идентичности, но увеличивылся параметр E-value. При четвертой итерации изменилась длина выравнивания. Лучшая находка из организма человека менялась с каждой итерацией, при этом длина выравнивания увеличивалась, а процент идентичности и E-value уменьшались.
• Поэтому программу лучше всего использовать для нахождения отдаленной гомологии между белками.

  ---

  ©Надя Шашина