Главная страница второго семестра

Филогенетические деревья, реконструируемые разными способами

                                                                                                                                                                     
                                          *       1 0         *       2 0         *       3 0         *       4 0         *       5 0         *       6 0            
Q 9 V 1 I 0 _ P Y R       1   :   K T I I K V G - - - - - - - - - - - - - D V K I G E G - - F T I M A G P C A I E S E D Q I M K T A E F L A E L G I K - -   :     4 3
P 7 2 8 6 4 _ S Y N       1   :   E V I V S T P A G - - - - - - - - - - - P V A I G K N H P V A V V A G P C S V E N E T M I V E T A R R V K A A G A Q - -   :     4 7
Q 9 Z 8 6 7 _ C H L       1   :   V H T V P I S P - - - - - - - - - - - - N L S F G E G S P - I L I A G P C T L E S Y E H T V S S A L T V K E A G A Q - -   :     4 5
A R O F _ E C O L I       1   :   A F P L S L Q Q E A Q I A D S R K S I S D I I A G R D P R L L V V C G P C S I H D P E T A L E Y A R R F K A L A A E V S   :     6 0
K D S A _ P E A _ 1       1   :   Q L K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A A D P F F L L A G P N V I E S E E H I M R M A K H I K T I S S K F G   :     3 8
                                                                                                      G P                         A                                  
                                                                                                                                                                     
                                          *       7 0         *       8 0         *       9 0         *     1 0 0         *     1 1 0         *     1 2 0            
Q 9 V 1 I 0 _ P Y R     4 4   :   - - - I L R G G A F - - K P - R T S P Y S F Q G Y G E K A - L K W M R K A A D E Y - - - - - - - - - - - - - - G L V T V   :     8 2
P 7 2 8 6 4 _ S Y N     4 8   :   - - - F L R G G A F - - K P - R T S P Y A F Q G H G E S A - L G L L A A A K E A T - - - - - - - - - - - - - - G L G I I   :     8 6
Q 9 Z 8 6 7 _ C H L     4 6   :   - - - V F R G S I R - - K P - R T S P F S F Q G W E K E C - V L W H K E A Q S I H - - - - - - - - - - - - - - G L P T E   :     8 4
A R O F _ E C O L I     6 1   :   D S L Y L V M R V Y F E K P - - R T T V G W K G L I N D P H M D G S F D V E A G L Q I A R K L L L E L V N - M G L P L A   :   1 1 7
K D S A _ P E A _ 1     3 9   :   - - I P L I F K S S F D K A N R T S S K S F R G P G I V E G L K I L E K V K I A Y - - - - - - - - - - - - - - D I P I V   :     8 2
                                                          K                     G                                                                                    
                                                                                                                                                                     
                                          *     1 3 0         *     1 4 0         *     1 5 0         *     1 6 0         *     1 7 0         *     1 8 0            
Q 9 V 1 I 0 _ P Y R     8 3   :   T E V M D T R H V E L V S K Y A D I L Q I G A R N S Q N F E L L K E V G R Q E K P V L L K R G M G - - - - N T I Q E L L   :   1 3 8
P 7 2 8 6 4 _ S Y N     8 7   :   T E V M D A A D L E I I A E V A D V I Q V G A R N M Q N F S M L K K V G A Q D K P V L L K R G M A - - - - A T I D E W L   :   1 4 2
Q 9 Z 8 6 7 _ C H L     8 5   :   T E V L D V R D V E I T A E H V D I L R I G A K N M H N T P L L Q E V S K S H R P I I L K R S P A - - - - A T L E E W L   :   1 4 0
A R O F _ E C O L I   1 1 8   :   T E A L D P N S P Q Y L G D L F S W S A I G A R T T E S Q T H R E M A S G L S M P V G F K N G T D G S L A T A I N A M R   :   1 7 7
K D S A _ P E A _ 1     8 3   :   T D V H E A S Q C E P V G R V A D I I Q I P A F L C R Q T D L L V A A A K T G K I I N I K K G Q F - - - - C A P S V M A   :   1 3 8
                                  T                                           A                                           K                                          
                                                                                                                                                                     
                                          *     1 9 0         *     2 0 0         *     2 1 0         *     2 2 0         *     2 3 0         *     2 4 0            
Q 9 V 1 I 0 _ P Y R   1 3 9   :   Y S A E Y I M S Q G - - - - - - - - - - - N E N V I L C E R G I R T F E - T S T R F T L D I S A V P V V K E L S - H L -   :   1 8 4
P 7 2 8 6 4 _ S Y N   1 4 3   :   M A A E Y I L A A G - - - - - - - - - - - N P N V I L C E R G I R T F D G H Y T R N C L D L S V L P V L R S L T - H L -   :   1 8 9
Q 9 Z 8 6 7 _ C H L   1 4 1   :   C A A E Y I L A S S P - - - - - - - - - S C P G V I L C E R G I R T F E - H S T R Y T L D L N T V A L L K E I S - S L -   :   1 8 8
A R O F _ E C O L I   1 7 8   :   A A A Q P H R F V G I N Q A G Q V A L L Q T Q G N P D G H V I L R G G - K A P N Y S P A D V A Q C E K E M E Q A G L R P   :   2 3 6
K D S A _ P E A _ 1   1 3 9   :   N S A E K V R L A G N - - - - - - - - - - - P N V M V C E R G T M F G Y - - - N D L I V D P R N L E W M R E A N - - C -   :   1 8 1
                                      A                                                                                   D                                          
                                                                                                                                                                     
                                          *     2 5 0         *     2 6 0         *     2 7 0         *     2 8 0         *     2 9 0         *     3 0 0            
Q 9 V 1 I 0 _ P Y R   1 8 5   :   - - - - - - P I V V D P S H P A G R R S - - - - - - - - - - - - - - - - L V I P L A K A A Y A V G - - - A D G V L V E V   :   2 1 9
P 7 2 8 6 4 _ S Y N   1 9 0   :   - - - - - - P I M I D P S H G T G K S E - - - - - - - - - - - - - - - - Y V P S M A M A A I A A G - - - T D S L M I E V   :   2 2 4
Q 9 Z 8 6 7 _ C H L   1 8 9   :   - - - - - - P V I V D P S H A A G K R S - - - - - - - - - - - - - - - - L V L P L A S A G L S V G - - - A D G L M I E V   :   2 2 3
A R O F _ E C O L I   2 3 7   :   - - - - - - S L M V D C S H G N S N K D - - - - - - - - - - - Y R R Q P A V A E S V V A Q I K D G N R S I I G L M I E S   :   2 7 9
K D S A _ P E A _ 1   1 8 2   :   - - - - - - P V V A D I T H S L Q Q P A G K K L D G G G V A S G G L R E L I P C I A R T S V A V G - - - V D G I F M E V   :   2 3 2
                                                      D     H                                                                     G                   E              
                                                                                                                                   
                                          *     3 1 0         *     3 2 0         *     3 3 0         *     3 4 0                  
Q 9 V 1 I 0 _ P Y R   2 2 0   :   H P D P E N A L S D - - - - - - - S K Q Q L T F - - - E D F K I L L D E L R K L G W R   :   2 5 2
P 7 2 8 6 4 _ S Y N   2 2 5   :   H P N P A K A M S D - - - - - - - G P Q S L T P - - - D R F D E T M K Q L A V I G Q T   :   2 5 7
Q 9 Z 8 6 7 _ C H L   2 2 4   :   H A H P E K A L C D - - - - - - - A K Q Q I T P - - - E E L H L F A K K H F C P S E S   :   2 5 6
A R O F _ E C O L I   2 8 0   :   N I H E G N Q S S E - - - - - - Q P R S E M K Y G V S V T D A C I S W E M T D A L L R   :   3 1 6
K D S A _ P E A _ 1   2 3 3   :   H D D P L N A P V D - - - - - - - G P T Q W P L R H L E E L L E E L I A I S R V S K G   :   2 6 8
                                                                                                                                   

В таблице приведены матрица "наивных" эволюционных расстояний между последовательностями выравнивания, а также составлена правильная скобочная структура получившегося дерева, по которой получено два изображения.

Сложно сказать, какой рисунок лучше описывает эволюцию белков, с одной стороны кажется, что второй рисунок более четкий и понятный, но зато на первом видно, в какой момент произошла дивергенция, и какие белки стали ее результатом. Дерево неукорененное, поэтому описать процесс эволюции этих последовательностей сложно. Я думаю, что при дивергенции некого корневого белка получился эволюционирующий до нашего времени белок Q9Z867_CHLPN и еще один белок, тоже разделившийся на две ветви Q9V1IO_PYRAB и P72864_SYNY3. От того же неизвестного корня произошли еще две ветви с белками KDSA_PEA и AROF_ECOLI.

При использовании эталонного выравнивания для построения деревьев, получились несколько отличающиеся рисунки.

Первые рисунки отличаются только длинами веток, т.к. по таблице строилась правильная скобочная структура с одинаковым эволюционным расстоянием, поэтому при дивергенции ветки равные, ведь до сегодняшнего момента прошло одинаковое количество времени, но для разных белков скорость эволюции пошла по-разному, поэтому на рисунке для эталонного выравнивания ветки получаются разные. Вторые рисунки отличаются длинами веток, а также по второму рисунку для эталонного выравнивания легче определить, как происходила эволюция для данных последовательностей.

©Шашина Надя